Интересно, что на первых экземплярах самолета с полотняной обшивкой руля направления путевая устойчивость была вполне удовлетворительной. Но из условий прочности полотняная обшивка была заменена на металлическую. Как ни странно, но при этом путевая устойчивость резко ухудшилась. Это объяснялось тем, что раньше при полете на больших скоростях полотняная обшивка руля направления вздувалась, создавая тем самым утолщение профиля. Конструкторы попытались парировать этот эффект установкой в хвостовой части фюзеляжа дополнительных гребней, но безрезультатно. Еще одним направлением работ стало утолщение профиля вертикального оперения при одновременном уменьшении его площади (Me-262 V056). Это дало определенные результаты при полете на больших скоростях, но резко ухудшило устойчивость и управляемость на взлетно-посадочных режимах. Кроме того, малая площадь вертикального оперения не давала пилоту возможности осуществлять полет на одном двигателе. Эту проблему пытались решить, изучая поведение самолета с дестабилизирующими поверхностями, на один из самолетов поставили гребень, идущий от фонаря до хвоста, что уменьшало статическую устойчивость, но впоследствии от него отказались.
Одной из проблем, с которой столкнулись как рядовые пилоты, так и летчики-испытатели, стало самопроизвольное затягивание самолета в пикирование на больших скоростях полета. При этом летчикам казалось, что нос самолета как бы «наливается свинцом», а руль высоты становится неэффективным. По этой причине произошло немало катастроф. К чести немецких инженеров, они, решая проблему повышения скорости полета, пришли к идее стреловидного крыла.
На Me-262 в носовой части устанавливались четыре 30-мм пушки МК-108 с боезапасом 100 патронов на ствол для верхних пушек и 80 – для нижних. Вооружение сократили до двух МК 108 на самолетах-разведчиках Me-262A-5a и Me-262A-1a/U3.
Более интересной была установка 50-мм пушки ВК-5, впервые испытанной на Me-262A-la. При этом пушка выступала на 2 метра перед носом самолета. Установка ВК-5 привела к смещению центра тяжести, что заставило разместить в хвосте противовес. Носовую стойку переделали под уборку с поворотом, чтобы она занимала меньше внутреннего объема. Несколько неожиданно, но установка практически не сказалась на летных данных, зато 26–27 из 30 снарядов при опытных стрельбах укладывались в прямоугольную цель шириной 30 м – размах крыла четырехмоторного бомбардировщика.
На Me-262 предполагалось также испытать управляемые ракеты Х4 фирмы «Руршталь», весом 60 кг и длиной 1,8 м. Ракета управлялась по двум проводам и имела ударный и акустический взрыватели. Дальность пуска оценивалась в 300 м. Четыре ракеты Х4 монтировались под крылом Me-262, но успели выполнить полеты только с макетами. Реальных испытаний так и не провели. В варианте перехватчика на самолете испытывалась и 110-кг ракета R100/BS с боеголовкой, имевшей 400 шрапнелей. Проводились аэродинамические испытания пусковых для вертикально стартующих ракет RZ 73.