К 1949 г. в результате процесса насильственного присоединения Грекокатолической церкви (ГКЦ) к Московской патриархии РПЦ получила в свое распоряжение 3001 церковь, 1242 священника и 463 диакона. ГКЦ рассматривалась как агент Ватикана и к тому же не вписывалась в общую концепцию новых отношений с Церковью. Кроме того, грекокатолики были идейным источником украинского национализма, что также не вписывалось в общую логику Сталина 1940-х касательно особого положения русского народа в СССР.
В 1946 г. РПЦ вернули часть Троице-Сергиевой лавры, закрытой в 1920 г., вместе с мощами преп. Сергия Радонежского – это был очень серьезный шаг со стороны государства, потому что возвращенные монастыри и реликвии имели огромное символическое значение не просто как чисто религиозные, но и как национальные символы. В 1947 г. большевики возвратили верующим мощи святого митрополита московского Алексия, что было продуманным политическим ходом – эти мощи были размещены в Богоявленском соборе, в котором должны будут проходить богослужения во время намеченного в следующем году Совещания глав и представителей церквей. В 1948 г. в Москве прошло авторитетное по своему составу Совещание глав и представителей поместных православных церквей в честь 500-летия автокефалии русской церкви. В Совещании участвовали делегации И из 13 автокефалий. Важно подчеркнуть, что это произошло в окружении враждебной к религии большевистской власти, которая, разумеется, не из любви к Богу использовала Церковь для своих внешнеполитических задач. Тем не менее прогресс был очевиден: если к 1941 г. в стране было меньше тысячи церквей, то к 1948 г. их было уже 14329.
Система таких взаимоотношений просуществовала с кратковременными перерывами до 1958 г. Впрочем, благополучное (точнее – просто стабильное) для Церкви время, можно сказать, закончились еще при Сталине в 1948–1949 гг. Поводом к этому послужил инцидент в Саратове 19 января 1949 г. во время праздника Крещения Господня. Во время процессии в 30 тыс. человек около 500 верующих разного возраста погрузились в ледяную речную воду в соответствии с русскими традициями этого торжества. Все было снято фотографами, которые также присутствовали на мероприятии. Советские чиновники восприняли это как «распространение порнографии» и массовое обнажение, хотя в действительности речь шла о несколько смелом выходе верующих за рамки дозволенного – это расценивалось как проведение обряда за пределами храма, что запрещалось советскими законами. После чего 19 февраля в советских СМИ появилась статья «Саратовская купель», наполненная антирелигиозным содержанием. Отреагировала и патриархия, обеспокоенная тем, что хрупкое «перемирие» будет нарушено таким событием, разослав предписания касательно правил проведения праздников в пределах храмов, а также сделав кадровые перестановки (аналогичные кадровые изменения произошли и в среде советских чиновников).