С 1949 г. произошли изменения в политике Совета по делам РПЦ. Он уже не был так благоприятно настроен в отношении разрешений по проведению праздников. Публичные инициативы религиозного характера теперь ограничивались пределами церквей. Церкви и семинарии стали открываться намного реже; более того, их количество стало вновь сокращаться. Особенно сильно досталось монастырям, которых с 1945 по 1952 г. стало меньше на 31 обитель, в то время как численность монашествующих оставалась примерно той же. Вообще, единственный монастырь, который был открыт советской властью, была Троице-Сергиева лавра – и то с учетом исторического и символического веса оного. Активность и расширение влияния Церкви испугало большевиков не на шутку, – впрочем, до прихода к полноте власти Хрущева речь могла идти только о сужении имеющейся у Церкви ограниченной свободы, но не о полноценном наступлении на религию в духе 1920-х. Тем не менее в 1948–1949 гг. был закрыт 561 храм.
В 1953 г. количество храмов (как полноценных, так и молитвенных домов) составляло 13508 – более чем на 800 храмов меньше, чем в 1948 г. При этом регулярные богослужения проходили лишь в 9387 храмах, из них ежедневно и вовсе в 504 [294, с. 335]. К этому следует прибавить 70 действующих монастырей и скитов (из них лишь 2 – в самой России) с 4620 монахами и монахинями. Всего за период с 1950 по 1953 г. численность храмов уменьшилась на 765 единиц. Распределение храмов оставалось неравномерным и в 1956 г. 63,4 % всех советских храмов располагались на территории Украины – даже больше, чем в 1948 г. 50 % духовенства служили там же. То есть значительная часть церковной жизни СССР проходила на территории всего одной республики, тогда как в России (РСФСР) она концентрировалась в городах и, в общем, ни в какое сравнение не шла с тем, что было до революции.
В 1954 г. вышло постановление ЦК КПСС «О крупных недостатках в научно-атеистической пропаганде и мерах ее улучшения» и докладная записка «О крупных недостатках в естественно-научной, антирелигиозной пропаганде». Документы были посвящены росту влияния религии и краху атеистической пропаганды большевиков. Несмотря на одобрение Хрущева, изложенные в них идеи возобновления наступления на религию пришлось отложить в долгий ящик из-за внутриполитической борьбы за место Сталина. Кроме того, имели значение внешнеполитическое давление и репутация СССР, которую коммунисты стремились улучшить. Нужна была хотя бы минимальная демонстративная свобода совести. Как пишет Виктория Смолкин в книге «Свято место пусто не бывает»,