Кроме того, Большой Каньон является биогеографическим барьером, труднопреодолимым для многих растений и животных; в связи с этим отмечены заметные различия в фауне и флоре, растительности и животном населении на северном и южном склонах и уступах каньона. Так, известная кайбабская желтая сосна и голубая ель северной части парка совсем не встречаются на юге Национального парка, где вообще хвойные низкорослы и редки.
Красивую белохвостую кайбабскую белку северной части на южных уступах сменяет обычная светлоокрашенная, но чернохвостая белка другого подвида. Различные формы на различных берегах Каньона образуют и мышевидные грызуны, например мыши рода Perognatus. У самой реки, где выделяют нижнесонорский участок, — типичный пустынный мексиканский ландшафт: бесконечно разнообразны кактусы, агавы с гигантскими стрелами и желтыми соцветиями, причудливые юкки со стволами, покрытыми острыми листьями и такими же пучками растопыренных листьев на тупых толстых ветвях. На камнях греются серые, короткохвостые и рогатые ящерицы фриносомы, перепархивают с чеканьем пестрые кактусовые крапивники (Helodytes) и чернозобые с белой бровью пустынные вьюрки. Если тихо посидеть у воды, то нетрудно увидеть и забавного пустынного ватнохвостого кролика (Sylvilagus auduboni). Побродив там, где редко бывают люди, можно встретить и гремучую змею.
Поднимаясь по тропе южного склона, на высоте от 2000 до 2500 м над уровнем моря, в так называемой переходной полосе начинаются островки сосновых лесов с можжевельником. Здесь промелькнет между деревьями, на мгновение задержавшись на скале, небольшой чернохвостый олень, у края тропинки распушится в независимой позе полосатый скунс. Можно встретить в каньоне койота, серую аризонскую лисицу, енота и уж наверняка на стенах или на скалах — маленьких обрывных бурундуков (Eutamias dorsalis). Много здесь птиц, среди которых наше внимание привлекали необычного облика сойки: хохлатая с синим хвостом и крыльями, но с коричнево-серой мантией сойка Степлера (Cyanocitta stelleri), серенькая с голубыми полосами на горле сосновая сойка (Cyanocephalus cyanocephalus) ближе по облику и повадкам к нашей кедровке. Перепархивали в ветвях какие-то местные гаички и американские хохлатые синицы (рода Bacolophus). По стволам деревьев бегали каролинские поползни, долбили кору похожие на наших пестрых дятлов волосатые дятлы (Dryobates villosus) и крупные светло-коричневые с пестринками, как у дроздов, красной подкладкой крыльев и красными усами стволовые дятлы (Colaptes cafet).