В 1903 году Столыпин стал саратовским губернатором — назначение очень ответственное (губерния слыла «красной») и поэтому, видимо, отнюдь не случайное.
В этой губернии в селе Столыпино находился опытный хутор А. Д. Столыпина. Губернатор интересовался его успехами, пропагандировал среди крестьян культурное хозяйствование. Принимал он участие и в деятельности местных благотворительных обществ. Саратовский отдел попечительства государыни императрицы Марии Фёдоровны о глухонемых избрал Столыпина своим почётным членом. Во время холерной эпидемии в Царицыне в 1904 году губернатор лично осматривал госпитали.
Череда ежедневных дел по благоустройству губернии и благотворительности не могла скрыть от молодого губернатора разрушительную работу революционеров, которые давали о себе знать погромами и поджогами усадеб, убийствами.
Твёрдая позиция губернатора пришлась не по вкусу как левым (например, П. Н. Милюков, признавая Столыпина не самым дурным из губернаторов, все же назвал его адептом крестьянских экзекуций), так и правым, обвинившим его в том, что ни в одной другой губернии не было сожжено столько помещичьих усадеб и что Столыпин водит дружбу с «красными» и даже защищает их от народного негодования.
Поводом для подобных обвинений служила обычно так называемая «балашовская история»[64], оглашённая на одном из заседаний Думы. В Балашове на один из обычных земских митингов напали черносотенцы. Появившийся Столыпин вывел земцев под эскортом казаков в безопасное место, но при этом из толпы полетели камни, одним из которых был задет сам Пётр Аркадиевич, а казаки избили земцев нагайками, причём оскорблению подвергся и председатель управы Н. Н. Львов, шедший возле Столыпина. Позже и черносотенцы, и земцы усмотрели в таком успокоении двусмысленность и потакание противникам — каждый своим.
В другой раз кадеты упрекнули Столыпина в том, что среди сожжённых в губернии усадеб оказалось уж очень много принадлежащих оппозиционным деятелям, а черносотенцы — в том, что он приказал открыть огонь по погромщикам усадеб. Люди с узкими партийными интересами не могли понять государственной позиции Петра Аркадиевича, не признававшего ни за одной партией права посягать на личные и имущественные права людей, чьё спокойствие он призван был охранять данной ему властью. Своими действиями Столыпин утверждал единственный принцип самодержавного правления — монаршая воля руководствуется исключительно общенародными интересами.
Ясное ощущение своего предназначения и решение положиться на Промысл Божий никогда не покидали Столыпина. При этом в самые опасные минуты мужество Петра Аркадиевича, его хладнокровие среди бушующей толпы, решительность в усмирении страстей отмечались единодушно. Вот лишь несколько эпизодов из его жизни 1905–1906 годов.