Карательные экспедиции правительства во главе с В.А. Каром, А.И. Бибиковым и И.И. Михельсоном по частям громили отряды мятежников. В августе 1774 г. Екатерина II после подписания в июле Кючук-Кайнарджийского мира с Турцией собрала до 20 пехотных и кавалерийских полков, благодаря чему в сентябре мятежникам было нанесено окончательное поражение. Пугачев был казнен в Москве в январе 1775 г. Стихийное выступление необразованных масс, несмотря на огромный масштаб, закончилось неудачей, но продемонстрировало как полную устарелость системы крепостного строя, так и невозможность создания революционным путем утопического «мужицкого царства».
Крайне показательно в годы пугачевского предприятия укрепление в народе веры в «хорошего царя» и недоверия, даже вражды к помещику. А.Т. Болотов вспоминал то время, когда «мысли о Пугачеве не выходили у всех у нас из головы и мы все удостоверены были, что вся подлость и чернь, а особливо все холопство и наши слуги когда не въявь, так втайне сердцами своими были злодею сему преданы, и в сердцах своих вообще все бунтовали и готовы были при малейшей взгоревшейся искре произвесть огонь и полымя… Глупость и крайнее безрассудство нашего подлого народа была нам слишком известна, и как при таких обстоятельствах не могли мы на верность и самих наших слуг полагаться, а паче всех их и не без основания почитали еще первыми и злейшими нашими врагами…».
Стоит заметить, что Андрей Тимофеевич Болотов (1738–1833) был из небольшого числа русских дворян, вкусивших плодов европейского Просвещения. Он издавал первый в России агрономический журнал «Сельский житель», в своем хозяйстве соединял опыт европейской агрономической науки и свой практический опыт, собрал обширную библиотеку, был одним из деятельных членов Вольного экономического общества, почетным членом Саксонского королевского общества, входил в круг Н.И. Новикова, М.М. Хераскова, Н.М. Карамзина, И.П. Щербатова и других просвещенных и гуманных русских дворян. Но и он, будучи свидетелем казни Пугачева, называет это «истинным торжеством дворян над сим общим им врагом и злодеем».
Опыт пугачевщины побудил императрицу, с одной стороны, укреплять местную административную власть, а с другой – усилить контроль государства для предотвращения крайнего произвола помещиков в отношении крестьян. Самым известным было «дело Салтычихи», помещицы Д.Н. Салтыковой, замучившей насмерть более 100 своих крепостных людей и приговоренной в 1768 г. судом к смертной казни, замененной пожизненным заключением. Тем самым в сознании народных масс укреплялся идеал самодержавной власти, с одной стороны, а с другой – закреплялось противостояние с первым сословием в государстве.