Важно также отметить, что с марта 1946 года по март 1953 года Берия занимал пост заместителя председателя Совета министров СССР, органами государственной безопасности и разведкой не руководил и не являлся для Судоплатова прямым начальником».
Для Судоплатова потянулись нескончаемые дни следствия. Сменявшие друг друга следственные бригады повторяли один и тот же вопрос: признает ли он свое участие в предательских планах и действиях Берии? И всегда получали отрицательный ответ. Хотя Павел Анатольевич позже признавался в своих мемуарах: «Примерно через полтора месяца мне стало ясно, что признание вовсе не важно для Цареградского. Меня просто подведут под формальное завершение дела и расстреляют как неразоружившегося врага партии и правительства, упорно отрицающего свою вину. <…>
Ознакомившись с некоторыми показаниями против меня других арестованных, я понял, что они просто тянут время. И я решил действовать в духе советов, которые давал мой предшественник и наставник Шпигельглаз своим нелегалам, пойманным с поличным и не имевшим возможности отрицать свою вину: постепенно надо перестать отвечать на вопросы, постепенно перестать есть, без объявления голодовки каждый день выбрасывать часть еды в парашу. Гарантированно, что через две-три недели вы впадете в прострацию, затем полный отказ от пищи. Пройдет еще какое-то время, прежде чем появится тюремный врач и поставит диагноз — истощение; потом госпитализация — и насильственное кормление».
К осени 1953 года Судоплатов начал терять силы. Он перестал отвечать на вопросы, которые ему задавали следователи. Охватившее его отчаяние было столь сильным, что однажды он швырнул алюминиевую миску с тюремной баландой в лицо надзирателю. Вскоре Судоплатов был помещен в психиатрическое отделение санчасти Бутырской тюрьмы, где оставался больше года.
Жене Павла Анатольевича удалось наладить контакт, а затем установить дружеские отношения с медсестрой тюремной больницы, постоянно дежурившей в его палате. Она стала тайно сообщать Судоплатову обо всех важных событиях оригинальным способом, придуманным Эммой Карловной. Свою книгу, которую медсестра обычно читала во время дежурства в палате, она стала оборачивать свежими номерами газеты «Правда», помещая на видное место обложки самые важные правительственные сообщения. Ведь говорить открыто в палате было нельзя: помещение круглосуточно прослушивалось.
Зимой 1955 года Судоплатов был переведен в стационар ленинградской тюремной психиатрической больницы, в котором наблюдался и лечился до 1958 года.