Будучи сам отличным проповедником, владыка заботился о процветании церковного проповедничества. Например, в Харькове он так отозвался о представленной на рецензию проповеди одного священника: «Нет жизни! Пойдите, найдите ее, влейте силу и теплоту! Не хитрите, не лезьте в книги и энциклопедию, поищите ближе – вот тут, в сердце!.. Вот где ларчик! А ключ от него в добром смысле и чистой совести… Идите, помолитесь и начинайте проще и проще, – непременно с полным сознанием предмета и еще с миром душевным, а оканчивать прошу если не слезою, то, по крайней мере, нежным и кротким чувством» (цит. по: 66, с. 542).
В условиях крепостного строя помещики частенько так загружали работами своих крестьян, что лишали их возможности пойти на церковную службу. Владыка Иннокентий понимал, что сам исправить это не в состоянии, и писал о том в Святейший Синод, не слишком рассчитывая на успех дела.
В Харьковской епархии владыка способствовал восстановлению двух монастырей – Святогорского и Ахтырского. В Одессе, как до этого в Киеве, Вологде и Харькове, владыка Иннокентий заботился о сохранении церковно-исторических памятников, уделял внимание археологическим изысканиям. Он увлекся мыслью о восстановлении древнего Херсонеса как места крещения святого равноапостольного князя Владимира.
Время порождало различные затруднения в церковной жизни. Например, в 1840-е годы обнаружилось, что число выпускников семинарий значительно превышает число священнических вакансий, что многие поповичи-семинаристы стремятся выйти из духовного сословия. Архиепископ Иннокентий, как член Святейшего Синода, предложил запретить прием в семинарии сыновей церковнослужителей, дабы таким путем привлечь к церковному служению подвижников из иных сословий русского общества. Ему возразил известнейший митрополит Московский Филарет (Дроздов), который указал, что из церковной среды вышло немало выдающихся служителей Церкви. Спор разрешился компромиссным решением Синода, освободившего духовных лиц от обязанности посылать своих сыновей в духовные учебные заведения (158, т. 1, с. 425–426).
В 1852 году возник спор двух выдающихся иерархов по иному поводу – преподавания латыни в семинариях. Митрополит Филарет (Дроздов), подобно многим своим собратьям, верил в ценность научного знания, а владыка Иннокентий полагал возможным усилить практическое направление при обучении будущих сельских священников. И в этом случае Синод прислушался к доводам обеих сторон: латынь потеряла в семинариях прежнее значение, но ей и древнегреческому языку все же уделялось внимание. Так в течение четверти столетия святитель Иннокентий имел большое влияние на общий ход церковных дел в России.