Архиепископ Иннокентий много времени уделял устроению своей епархии, причем не довольствовался одним наведением порядка и благолепием служения. Он первым в России предложил издавать Епархиальные Ведомости как регулярное газетное издание, что получило с 1860 года всеобщее распространение. Он способствовал созданию в Крыму новых церквей и монашеских обителей.
В 1848 году в пустынном месте, в двух верстах от Севастополя, на городской площади древнего Херсонеса в ходе археологических раскопок вместе с министром просвещения графом С. С. Уваровым он обнаружил несколько церквей. Одна из них имела две крестильни и была сочтена за церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы, в которой, по легендарному преданию, был крещен святой равноапостольный великий князь Владимир. По определению Святейшего Синода на этом месте преосвященный Иннокентий открыл монашескую обитель, а в 1853 году освятил первый небольшой храм во имя святой равноапостольной великой княгини Ольги. Позднее, во время Крымской войны, обитель была разрушена, но в 1857 году восстановлена, по плану владыки Иннокентия был построен новый храм, а в 1861 году Херсонесская Свято-Владимирская обитель возведена на степень первоклассного монастыря.
В южных губерниях внимание владыки вызывали проблемы борьбы с ересями и сектами, широко распространившимися в те годы. В Херсонской губернии, например, еще в XVIII веке возник русский штундизм, при вере в Бога отрицавший Церковь. Правительство действовало не всегда умело в борьбе со штундой и другими угрозами, подчас пренебрегая мнением Церкви. Так, на основании распоряжений Николая I в 1836 году и 1841 году в Херсонскую губернию переселили более 2 тысяч евреев, освобожденных на 25 лет от налогов и рекрутского набора. После беседы в декабре 1845 года Николая I с папой Римским Григорием XVI в августе 1847 года был заключен конкордат (соглашение) между царским правительством и Католической Церковью, которая получала возможность открыть в России седьмую епархию – на юге, в Херсоне. Архиепископ Иннокентий в своем докладе обер-прокурору
Святейшего Синода графу Н. А. Протасову выразил недоумение по поводу такого решительного шага, о котором его даже не поставили в известность заблаговременно, что было неудивительно при синодальной системе церковного управления (158, т. 1, с. 302, т. 2, с. 488). В то же время власть считалась с мнением ученого архиерея и привлекала его к государственной деятельности. Например, именно архиепископ Иннокентий для Свода законов Российской империи составил раздел «О браке», опираясь как на церковные каноны, так и на свое знание крестьянской жизни. Профессор А. В. Никитенко, описывая в своем дневнике выпускной акт в Санкт-Петербургском университете в 1949 году, особо отмечает: «На акте было довольно много посетителей, много высшего духовенства, в том числе… знаменитый Иннокентий» (97, т. 1, с. 520).