Владыка Иннокентий решил было отправиться на бастионы, дабы благословить всех севастопольских героев, но его не пустили под пули врага. Он пробыл в городе несколько дней, освятил несколько икон и вручил их пришедшим с бастионов солдатам и матросам. В августе 1855 года владыка Иннокентий со всей Россией печалился оставлению Севастополя. Относительно почетный мирный договор, заключенный в Париже в апреле 1856 года, оказался слабым утешением.
Между тем в эти годы в Одессе заканчивается строительство кафедрального Спасо-Преображенского собора, при содействии владыки открываются Бахчисарайский скит и Котлярезская пустынь близ Керчи. В свет выходили книги архиепископа
Иннокентия, публиковались его проповеди (полное их собрание вышло в 1900–1901 годах и составило 12 томов).
Владыка Иннокентий делил с митрополитом Филаретом (Дроздовым) славу первого русского проповедника. Их творения многие сравнивали и отмечали, прежде всего – преимущественное обращение святителя Филарета к сюжетам Библейским, а святителя Иннокентия – к образам природы. То это мир растительный – цветы и деревья, то это экватор, море, небесный свод, солнце; в проповедях упоминаются то электричество, то магнетизм, то вулканы. «Научились ли мы, – вопрошал проповедник, – подобно волхвам, читать волю Божию в явлениях видимой природы, слышать глас неба и в так называемых естественных событиях?» Он говорил о «храме природы, доселе полном иконами, как при начале мироздания» и о силе, которая «водрузила над главами нашими солнце и рассыпала мириады звезд», для него вся природа полна славы Божией (59, с. 176).
Анализируя проповеди святителя Иннокентия, В. П. Зубов отмечал, что у него «все полно некоей безотчетной тревоги и таинственного беспокойства… Характерным для Филарета был тихий и властный голос, более властный, чем шум мира. У Иннокентия – вопли и стоны»; образы Иннокентия – «горсть рассыпанного жемчуга», образы Филарета – «законченная логическая последовательность» (59, с. 180, 182). И. В. Киреевский назвал святителей Филарета и Иннокентия выразителями двух противоположных устремлений церковной проповеди: если Филарет движется от разума к сердцу, то Иннокентий – от сердца к разуму. «Что есть жизнь наша? – вопрошал святитель Иннокентий. – Это непрестанно развивающийся свиток, наполненный множеством письмен, коего одна часть всегда сокрыта… Это непрестанно увеличивающаяся ткань, в состав коей входит бесчисленное множество разнородных нитей, коей поверхность видна всякому, а основание никому… Это совокупность бесчисленных и разнородных явлений, кои, подобно одушевленным теням, движутся вокруг нашего сознания, поражают чувства, занимают воображение, питают рассудок, радуют или печалят сердце и вскоре исчезают, оставляя слабый след в памяти… Свиток времени непрестанно разгибается пред каждым, листы вращаются один за другим; пиши что угодно и как угодно; но нельзя перевернуть ни одного листа назад; нельзя переставить, переменить или уничтожить ни одной буквы: как написано, худо ли, хорошо ли, так останется вечно, так и будет читано некогда Судиею в слух Ангелов» (цит. по: 59, с. 195). Показательно, что многие проповеди святителя Иннокентия являются импровизациями, в то время как святитель Филарет все свои проповеди предварительно писал на бумаге.