Архипастырь в день бомбардировки города в кафедральном соборе впервые совершил таинство елеосвящения архиерейским служением, что стало ежегодной традицией. При большом стечении народа в соборе владыкой совершались покаянные молебны с акафистом перед чудотворным Касперовским образом Божией Матери, и с тех пор эта икона стала покровительницей Одессы и всего Причерноморья.
Святитель Иннокентий со свойственной ему энергией обратился к делам милосердия, оказывая содействие в организации новых медицинских учреждений. Он напутствовал каждый батальон, уходивший из Одессы на театр военных действий. Возросла важность слова владыки. Недоумевавшие, напуганные, отчаявшиеся люди наполняли городской собор, чтобы услышать проповедь владыки Иннокентия, его слова утешения и воодушевления. Напомнив об Отечественной войне 1812 года, святитель сказал: «Хотите ли знать, чем возмогло в сей беспримерной борьбе на жизнь и смерть любезное отечество наше? Оно возмогло живою верою в Бога отцов своих, которая одушевила всех от мала до велика и всех заставила, подобно древним ниневитянам, принести искреннее покаяние пред Ним во грехах своих; оно возмогло непоколебимою верностию благословенному царю своему… оно возмогло любовию к Отечеству, для коей не казалось трудным никакое усилие…» (63, с. 83–84).
Наши войска в боях несли тяжелые потери, отступали и дошли до Севастополя. Его оборону организовали адмиралы Нахимов, Корнилов, Истомин, генералы Хрулев и Тотлебен. На севастопольских бастионах сражались русские офицеры, солдаты и матросы. Они держались стойко, проявляя чудеса храбрости и выносливости, но положение их было тяжелейшим: в городе не хватало продовольствия, в окопах – патронов и снарядов, в тылу – госпиталей для раненых. Война оказалась трудным испытанием, которого николаевская Россия не выдержала.
24 июня 1855 года архиепископ Иннокентий прибыл в осажденный Севастополь. На следующий день он отслужил в городском соборе литургию. Храм не мог вместить всех желающих, и поэтому после службы на большой площади, наполненной солдатами, матросами, офицерами, сестрами милосердия и немногими оставшимися горожанами, владыка отслужил молебен.
«Дорогие братья и сестры, – обратился он к ним со словом после молебна. – Не поучения говорить вам мы прибыли сюда. Нет, мы явились учиться у вас, славные защитники града, как исполнить заповедь Христа Спасителя. По всему лицу земли русской нет ни одного сына Отечества, который бы в настоящее время не превитал мыслью с вами, мужественные защитники Севастополя, который бы не скорбел вашими скорбями, не болезновал вашими ранами, равно как не радовался бы о ваших успехах, не хвалился бы вашей твердостью и мужеством. Тем паче мне, как духовному пастырю страны сей, хоть и недостойному, невозможно не присутствовать всегда с вами духом, верою и молитвою и не разделять от души всего, что происходит с вами: и радостного, и печального… Вы слава России, утешение ее монарха, радость Святой Церкви, предмет удивления для самих врагов и всего света!».