Император-король действительно с недовольством воспринял весть о переговорах и отказался их признать. Еще до того, как французы захватили Вену, Франц уехал в Моравию, где, собрав остатки армии и объединив усилия с русскими, хотел дать французам решающее сражение. В результате 2 декабря 1805 года при Аустерлице союзные силы Австрии и России потерпели сокрушительное поражение.
После этого стало совершенно ясно, что великодержавные амбиции Габсбургской монархии невозможно далее поддерживать прежними средствами. Монархии, зажатой между Францией и Россией, не имеющей союзников на континенте, грозила опасная зависимость от одной или от другой великой империи, не говоря уже о том, что те просто возьмут и разделят между собой ее территории. Единственным спасением было полное напряжение материальных и военных ресурсов.
В этой безвыходной ситуации эрцгерцог Карл (младший брат Франца), назначенный военным министром с неограниченными правами, разработал реформу императорско-королевских вооруженных сил, в рамках которой, наряду с регулярной армией, под ружье ставились (при весьма скромных затратах) боеспособные ополченцы. Согласно новому закону все мужчины в возрасте между от 18 до 45 лет должны были пройти службу в войсках народного ополчения. Каждая провинция была разделена на округа, каждый из которых должен был сформировать от одного до пяти батальонов с 6-ю ротами в каждом. Командование над каждой боевой единицей должен был брать на себя отставной офицер регулярной армии или кто-то из дворян и помещиков.
Карл помышлял о полностью единой армии, в которую должны были быть интегрированы полки не только австрийских или чешских провинций, но и из Венгерского королевства. В Венгрии в ответ на это заявили, что поддерживают такую мысль, но при условии должного внимания к венгерской специфике.
10 апреля 1809 года разразилась уже давно назревавшая война между Французской и Австрийской империями. Австрийская армия после первых незначительных успехов была вынуждена отступать. Ей не удалось сдержать натиск французов, которые уже 13 мая вступили в Вену.
Впрочем, военные неудачи не поколебали венгров. Венгерское ополчение пребывало в большом воодушевлении, но у него не было необходимого боевого опыта и подготовки.
Австрийские войска, объединившись с венгерским ополчением, попытались сдержать французов в Западной Венгрии, но безуспешно. 14 июня 1809 года в решающем сражении при Дьёре (Раабе) они были наголову разбиты, после чего французы заняли сам город, затем Пресбург и вместе с этим почти все западное и северное Задунавье. Тремя неделями позже, в битве при Ваграме, императорско-королевские войска вместе с русской армией потерпели очередное поражение oт французов.