Между тем, 12 июня 1798 г. Мальта без боя сдалась французам. Рыцари заподозрили великого магистра Гомпеша в измене и лишили его сана.
16 декабря того же года русский император был избран в великие магистры, и Павел охотно возложил на себя знаки нового сана: рыцарскую мантию, корону, меч и крест (в таком одеянии изображен Павел на портрете, находящемся в Зимнем дворце). К императорскому титулу, по высочайшему указу, повелено было прибавить слова «и Великий Магистр Ордена св. Иоанна Иерусалимского».
Перед воображением императора рисовался образ идеального рыцарского союза, в котором, в противовес новым идеям, исходившим из Франции, процветают принципы, положенные в основу Мальтийского ордена: строгое христианское благочестие и безусловное послушание младших старшим. По мысли императора, Мальтийский орден, столь долго и успешно боровшийся против врагов христианства — магометан, должен был обнять все лучшие охранительные элементы Европы и послужить могучим оплотом против революционных движений.
Явились различные проекты реорганизации Мальтийского ордена, применительно к его новой политической роли. Резиденция ордена (конвент) перенесена была в Санкт-Петербург; капитул его помещался в доме, занимаемом Пажеским корпусом (доныне имеется в корпусе католическая церковь Св. Иоанна Крестителя).
В Кронштадте снаряжался флот для завоевания Мальты; но в 1800 г. она была занята англичанами, а вскоре после того скончался Павел.
Александр I отказался от звания великого магистра и сохранил лишь титул протектора ордена, а в 1817 г. Высочайше объявлено, что «после смерти командоров ордена Святого Иоанна Иерусалимского, наследники их не наследуют звания командоров ордена и не носят знаков ордена, потому, что орден в Российской Империи более не существует».
После убийства Павла I в 1801 г. резиденция ордена переносится в Италию. С 1934 г. штаб-квартира Мальтийского ордена находится в Риме, где занимает всего около 2 км кв.; его владения пользуются правом экстерриториальности. Он сохраняет свой суверенитет и является самым маленьким в мире государством.
Мальтийский орден сегодня насчитывает примерно 10 тыс. рыцарей и 1 млн. ассоциированных членов ордена, объединенных в 35 национальных секций. По преимуществу, членами ордена являются крупные политические и общественные деятели, представители большого бизнеса.
Мальтийский орден обладает немалой недвижимой собственностью: только в Италии она оценивается в 450 млн. долларов. Как суверенное государство орден имеет дипломатические отношения на уровне послов примерно с 50 государствами,