Зато материальное положение низшего духовенства, в частности деревенских попов, почти не отличалось от ситуации крестьян, а также простых «посадских» людей. Основой содержания этих священнослужителей были чаще всего небольшие земельные участки. Низшему духовенству запрещалось торговать и заниматься ремеслом. С момента вступления на престол патриарха Никона положение низшего духовенства значительно ухудшилось из-за доносительства, шпионства со стороны верхнего духовенства и из-за введения полицейского надзора, который охватывал как деревенское, так и городское духовенство. Ни одни, ни другие не получили поддержки со стороны светской власти. Низшее духовенство страдало от самоуправства бояр, а также подвергалось различным репрессиям вплоть до изгнания из церковного прихода, что крайне редко вызывало протесты со стороны высшей церковной иерархии. Поэтому именно низшее духовенство выступало против феодальной иерархии, и как раз в этой среде зарождалось больше всего оппозиционных идеологов [Щапов 1859: 390–415; Рущинский 1871: 152; Соловьев 1961/6: 208–210; Jakubowski 1972: 143–146].
Уже в конце 40-х гг. XVII в. в Москве среди просвещенного духовенства образовался т. и. Кружок ревнителей благочестия. Собранная в этом кружке незначительная, но очень активная группа людей, т. и. братьев, ставила своей целью прежде всего унификацию религиозных обрядов, которые на протяжении веков претерпели значительные изменения, и упорядочение множества других церковных дел [Каптерев 1887: 114–117; Кусков 1966: 253]. К этому кругу принадлежали как будущие реформаторы, так и противники реформ. В большинстве своем это были наиболее образованные в то время провинциальные священники (в особенности протопопы), такие как Аввакум из Юрьева-Повольского (1620–1682), Даниил из Костромы, Лазарь из Романова, Логгин Муромский, также Иван Неронов, который был переведен в Москву из Нижнего Новгорода, и многие другие. К кружку принадлежал и архимандрит Новоспасского монастыря Никон, который в 1648 г. был рукоположен новгородским митрополитом. Пока все эти священники вместе дружно решали вопрос церковного пения, ничто не предвещало наступивших вскоре серьезных разногласий [Каптерев 1887: 107–115, 133–134, 155–156; Чаев 1955: 314–315; Jakubowski 1972: 15–17].
Инициатором церковных реформ был сам царь Алексей Михайлович. Он желал, чтобы реформированная церковь содействовала централизации Русского государства. Поэтому настоящими руководителями «братии» стали надежный друг царя Федор Ртищев [Каптерев 1887: 18–19, 97–98, 106–107, 139; Рущинский 1871: 194] и царский исповедник Стефан Вонифатьев [Каптерев 1887: 102–107, 142–143; Бороздин 1900: 14–17; Сахаров 1839]. Задача церковной реформы состояла также в том, чтобы объединить Русскую православную церковь с православной церковью на Левобережной Украине, которая до недавнего времени подчинялась непосредственно патриарху Константинополя. Алексей Михайлович, согласно официальной идеологии, считал себя наследником византийских императоров. Под влиянием греческих религиозных руководителей придворные круги провозгласили, что именно на Алексея Романова возлагается историческая миссия освобождения Константинополя от турок. После присоединения в 1654 г. Левобережной Украины к Московскому государству эта концепция стала частью официальной царской государственной политики. Для достижения поставленной цели Алексей Михайлович решил прежде всего, даже ценой некоторых уступок, устранить различия, существующие между Русской православной церковью и православными восточными церквями [Каптерев 1885: 26–33, 348–381; Гудзий 1966: 479]. Решение о проведении реформ совпало со смертью патриарха Иосифа (1642–1652), главы Русской православной церкви. На его место «братия» выдвинула кандидатуру Вонифатьева, который решительно отказался от принятия назначения и выдвинул своего кандидата – митрополита Никона [Каптерев 1909–1912: 107; Заволоко 19376: 106; Jakubowski 1972: 258; см. также легенду о Никоне: Gerss 1909: 59–60, комм.]. Новый патриарх был очень энергичным и честолюбивым человеком, кроме того, он был сторонником церковной реформы, хотя и понимал ее совершенно иначе, чем царские приближенные. Никон стремился к тому, чтобы, опираясь на авторитет восточных патриархов, освободиться от царской опеки и вернуть церкви утраченные в сложившейся ситуации привилегии [Гудзий 1966: 479; Зызыкин 1931].