После подавления Соловецкого восстания, где только четырнадцати монахам удалось избежать смерти, власти решили, что пришло время расправиться и с другими предводителями оппозиции. 14 апреля 1682 г. в Пустозерске были приговорены к сожжению заживо Аввакум, Федор, Лазарь и Епифаний «за великие на царский дом хулы» [Лихачев 1948: 313]. Эти репрессии действительно привели старообрядцев в ужас, но тем не менее их не сломили. Они еще более настойчиво стремились к возвращению старых обрядов. В мае 1682 г., сразу же после смерти царя Федора Алексеевича (1676–1682), старообрядцы пытались воспользоваться начавшимся стрелецким бунтом и вернуть старую веру в Москве. Поначалу им удалось снискать активную поддержку стрелецких полков и их главнокомандующего князя Ивана Хованского – приверженцев старой веры. Во главе полков встали суздальский священник Никита Добрынин («Пустосвят»), волоколамский монах Савватий и только что прибывший в Москву инок Сергий. 5 июля 1682 г. они вынудили патриарха Иоакима (1674–1690) и царевну Софью выслушать челобитную «от лица всех полков и чернослободцев», в которой перечислили все заблуждения «никониан» (так старообрядцы называют православных по сегодняшний день). Восставшие потребовали, чтобы коронация царевичей Петра и Ивана, а также сама служба в день коронации были проведены в соответствии с постановлениями, данными в старых книгах. Произошло формальное противостояние двух сторон. После бурных и длительных переговоров в Кремле, сопровождавшихся беспорядками, Никита Добрынин объявил собравшейся толпе, что старообрядцы на этом соборе одержали победу. Он также объяснил, как следует правильно креститься, что встретило одобрение простого народа. Царевне Софье удалось подавить мятеж, возглавляемый Никитой Добрыниным, лишь прибегнув к хитрости. Стрельцов напоили, а затем заставили пообещать, что они больше не будут вмешиваться в церковные дела. Самого Никиту поймали и отрубили ему голову 12 июля 1682 г. Такая же судьба ожидала князя Хованского, который был казнен 17 апреля 1683 г. [Румянцев 1916; Макарий 1855: 219–236; Заволоко 19376: 133–137]. Репрессии затронули также стрельцов, многие из которых, как и прочие мятежники, были сосланы; части удалось сбежать на Украину [Лилеев 1895: 49].
После подавления восстания старообрядцев в Москве церковные и светские власти с еще большим усердием приступили к ликвидации раскола в провинции. С этой целью церковные власти издали ряд указов и распоряжений, в которых среди прочего требовалось от подчиненных сообщать высшим епископам о всех лицах, которые отказывались от причастия. 20 сентября 1682 г. была издана также специальная книга под заглавием «Увет духовный», направленная против старообрядцев [Макарий 1855: 329–330]. Однако наиболее строгие меры против них были предприняты в 1684 г. царевной Софьей. Распоряжения Софьи содержались в двенадцати статьях, первые пять из которых предусматривали смертную казнь за следование правилам старой веры (руководители наказывались сожжением на костре), следующими статьями вводился строгий надзор над непокорными (и. 6) и предусматривалась ссылка (пи. 7–9), избиение батогами и денежный штраф размером в 50 рублей (и. 9), а также конфискация в пользу государства всего имущества, доходы от которого должны были предназначаться на надзор за ссыльными и на оплату шпионов (и. 12) [Полное собрание законов 1830: 647–650]. С 7 апреля 1685 г. на территории всего государства власти начали постепенно приводить в действие распоряжения царевны. Повсюду воцарился жестокий террор, никто не мог уже открыто исповедовать старую веру, в лучшем случае некоторым удавалось делать это тайно. Поэтому старообрядцы начали массово покидать свои прежние места жительства и бежали в безлюдные места, как можно дальше от больших городов и поселений [Макарий 1855: 331–332; Лилеев 1895: 46; Барсов 1890: 25–30; Dębiński 1910: 25–30; Ясевич-Бородаевская 1912: 315–316].