Враждебное отношение к начатым Никоном церковным реформам сначала охватило среднее и низшее духовенство, тогда как высшее духовенство, за исключением епископа Павла Коломенского, с самого начала поддержало патриарха [Анкудинова 1956: 56–58]. Основной формой протеста низшего светского духовенства был массовый отказ от использования в литургии новопечатных книг и приверженность к старым обрядам. Наказываемые штрафами и подвергаемые пыткам в монастырях, в большинстве своем принявших реформы, священники сопротивлялись все яростнее [Мельников 1909: 5–6]. Вместе с низшим духовенством в оппозиции оказался посад, затем крестьянство. К защитникам старой веры присоединилась также часть боярства, которая еще в XVII в. не могла прийти в себя после поражения, нанесенного Иваном Грозным [Гудзий 1966: 481]. Недовольство никоновскими реформами нашло свой отклик в самом Кремлевском дворце. Царица Мария Ильинична, воспитанная в духе старых традиций, высоко ценимых семьей Милославских, к которой она принадлежала, также воспротивилась реформам. В ее среде почти никто не одобрял нововведений Никона, который в отсутствие царя, занятого войной с Польшей, пользовался неограниченной властью во всех областях государственной жизни. Личный советник царицы, старик Соковнин, его сыновья, две дочери: боярыня Феодосия Морозова и княгиня Евдокия Урусова, придворная монахиня Иустина, Милославские, Хованские и многие другие бояре враждебно относились к реформам [Мельников 1909: 5; Миловидов 1969: 10].
После суровой расправы духовных властей со старообрядцами на соборе 1666–1667 гг. органы государственной власти развернули жестокие репрессии в отношении раскольников. После пыток и избиений их стали ссылать в отдаленные края страны или заключать в тюрьмы [Бороздин 1900: 120, 134–139; Малышев 1948: 372–375; Робинсон 1958а: 391–403; 19586: 203–224; 1974].
Репрессии со стороны государства вызвали открытые выступления защитников старой веры против светской власти, хотя до сих пор они сопротивлялись только власти духовной. На севере <России> произошло вооруженное восстание. Хорошо укрепленный Соловецкий монастырь решительно отказался принять церковные реформы и не принял новоизбранного игумена. В течение восьми лет монастырь смело отражал атаки царских войск и только в 1676 г., уже после смерти Алексея Михайловича, был захвачен, и то только вследствие измены одного из монахов. Повешенных, до смерти избитых и оставленных замерзать на морозе соловецких монахов народ стал почитать как мучеников [Барсов 1884: 1—92; Сырцов 1888; Макарий 1855: 197–218; Барсуков 1954].