Вскоре после издания царского манифеста виленские старообрядцы построили при храме новую колокольню, а в 1906 г. повесили колокола [Киселев 1930: 14–15]. О том, какую роль в то время играла Виленская старообрядческая община, может свидетельствовать факт созыва именно здесь 25–27 января 1906 г. съезда представителей старообрядцев-беспоповцев Российской империи. На съезде были приняты многочисленные руководящие документы, был также согласован текст благодарственного письма царю [Труды о съезде 1906: 113–114, ср.: 65–66] за издание манифеста. Вопреки замыслу организаторов, многие из делегатов съезда не одобрили благодарственного письма. 15 марта 1907 г. Виленская община старообрядцев была зарегистрирована властями и специальным указом Виленского губернского управления № 2878 была утверждена как самостоятельный приход с правом ведения метрических книг и приходских записей [Киселев 1930: 17].
Деятельность виленских старообрядцев прервалась во время Первой мировой войны. Сначала они лишились своего главного лидера Аристарха Моисеевича Пимонова, который скончался 5 марта 1915 г. после тяжелой болезни, а затем большинство из них было эвакуировано в Оренбург, где было имение братьев Лимоновых. После того как 15 сентября 1915 г. немецкие войска заняли Вильну, Виленская старообрядческая община фактически перестала существовать, имущество общины было разграблено, а многие здания почти полностью разрушены. Многие старообрядцы вернулись в город только весной 1918 г. Общиной предводительствовал Арсений Моисеевич Лимонов. В 1919 г., вскоре после передачи Вильны в руки польских властей, старообрядцы принялись активно восстанавливать свой центр [Киселев 1930: 24–31].
Со своими проблемами беспоповцы массово обращались в Виленскую общину, и это заставило ее власти приступить к организации центрального представительства старообрядцев в Польше с целью объединения всех беспоповцев в единую церковную организацию. С этой целью 18 января 1925 г. был избран организационный комитет, который возглавил Арсений Пимонов. Оргкомитет от имени Виленской общины разослал воззвание и программу съезда во все беспоповские общины в Польше с уведомлением о предполагаемой дате проведения съезда [Труды первого съезда 1925: 70–74; Киселев 1930: 32]. С согласия польских властей, в соответствии с Польской («мартовской») конституцией 1921 г. в присутствии представителей правительства и делегатов от общин, или приходов, 1 октября 1925 г. торжественно открылся 1-й Всепольский съезд старообрядцев-беспоповцев в городе Вильне. На съезде были приняты многие существенные соглашения, касающиеся организации старообрядческой церкви, в том числе положение об официальном названии конфессии: «Восточная старообрядческая церковь, не имеющая духовной иерархии»; был также принят устав, регламентирующий религиозную жизнь [Труды первого съезда 1925: 9—10, 67–69, 75]. Виленский съезд проводился как провинциальный церковный собор. Его задачей было избрание Верховного совета старообрядцев, который взял бы на себя обязанность управления делами церкви в период между соборами, которые должны были созываться каждые 5 лет. До момента утверждения совета правительством действовал Временный исполнительный комитет, состоявший из 14 членов. 22 марта 1928 г. распоряжением президента Речи Посполитой «Восточная старообрядческая церковь, не имеющая духовной иерархии» была признана государством (Dz. U. Nr 38, poz. 363)