Доброклонский возглавлял Отдел графики и рисунка – изучал рисунки мастеров Средневековья, Возрождения, особенно были дороги ему старые голландцы. Он дружил с Александром Бенуа, они переписывались. «Я вспоминаю о тех минувших годах, – писал Бенуа, – когда мы так дружно служили искусству под величественными сводами Эрмитажа. Вспоминаю с умилением, как о поре необычайно счастливой в нашем ощущении какого-то коллективного единения – во славу Искусства».
Михаил Васильевич говорил, что он человек тихий, домашний, смирный: «Нет ничего лучше для меня, чем целыми днями перебирать и любовно изучать произведения старых мастеров, находиться с ними в каком-то душевном контакте». Его каталог рисунков итальянской школы XV–XVII веков – одна из самых ярких и интересных работ по истории искусства. Коллеги Михаила Васильевича очень ценили его исследования: ярко, умно, с глубочайшим проникновением в эпоху, в судьбы художников. Средневековье, Возрождение, Фламандское искусство – его любимые миры, о которых он в тонкостях и подробностях знал. Ему, между прочим, принадлежит одно из первых в стране исследований о Рембрандте, о его графике. Считалось, что Доброклонский обладал фантастической художественной интуицией, потрясающим чутьём, в тончайших оттенках чувствовал эпоху, и глаз был редкостный, дивный музейный глаз – мгновенно мог распознать подделку, точно угадывал художника, его время, знал мельчайшие подробности почерка великих мастеров. О нём вспоминали с нежностью: «Он поражает исключительной живостью… в движениях, в реакциях, в разговоре, и он всегда полон интереса ко всему, что его окружает. Скромный, сдержанный, неизменно доброжелательный, учтивый и аккуратный во всём».
Михаил Васильевич Доброклонский стал главным хранителем Эрмитажа после отъезда Орбели в эвакуацию, на нём – вся ответственность за всё, что происходит в музее и что происходит с музеем. «Я, как внук и сын медика (его отец был известный в Петербурге врач, возглавлял Александровскую больницу), убеждён: главное для организма и для здоровья – тепло физическое и душевное. Будем стремиться к тёплым дням».
Два с лишним года Михаил Васильевич возглавлял Эрмитаж и вместе с коллегами разделил судьбу и города, и музея. Он был всегда спокоен и всегда бесстрашно справлялся с проблемами – и во время обстрела, и во время хозяйственных забот, и во время научных споров и работ. Сам во всём принимал участие: убирал двор, колол лёд на Неве, заколачивал окна, дежурил на крышах. Он умел не теряться даже при самых трудных обстоятельствах, а обстоятельства его не щадили: он потерял двух сыновей, умерших в ополчении, жена тяжело болела, дом его разбомбили, рукописи новых книг были уничтожены. Несмотря на невзгоды, он сумел мужественно и достойно прожить. О нём тепло отзывались друзья, ученики, соратники. Знания, мужество в страданиях, доброжелательность ко всем, кто с ним общался, чувство собственного достоинства, сдержанность, скромность – таким был Михаил Васильевич, всегда и во всём. Он дождался возвращения сокровищ: «Как смогли – выжили и сохранили всё, что сохранилось. А тех, кто ушёл, проводили с горячею честью».