Вечером 15 февраля профессор облачился в малиновую шерстяную рубаху и синие шаровары — почти так, как он любил ходить летом в деревне. Воспитанницы затеяли ссору, и его это очень раздосадовало, но пока шли из квартиры в соседнюю аудиторию, все развеселились. Бородин немного повальсировал и подошел к своей куме Доброславиной, тоже нарядившейся в русский костюм. Далее версии мемуаристов расходятся: Молас-младший утверждает, будто Александр Порфирьевич умер, дирижируя кадрилью; Кюи говорит об игре Третьей симфонии гостям; Гольдштейн — о шутках по поводу неудобства натягивания фрака после обеда. Но за пятнадцать минут до полуночи никого из них рядом с Бородиным не было, а была Мария Васильевна, и вот что она рассказала: «Мы стояли и разговаривали, когда в зал вошел проф. Пашутин и подошел поздороваться с Александром Порфирьевичем и со мной. Он приехал с обеда и был во фраке, и Александр Порфирьевич спросил его, почему он такой нарядный. Я сказала, что из всей мужской одежды я больше всего люблю фрак; он идет одинаково ко всем и всегда изящен. Александр Порфирьевич заявил со своей обычной шутливой галантностью, что если я так люблю фрак, то он всегда будет приходить ко мне во фраке, чтобы всегда мне нравиться. Последние слова он произнес растягивая и как бы закоснелым языком, и мне показалось, что он качается, я пристально взглянула на него, и я никогда не забуду того взгляда, каким он смотрел на меня, — беспомощного, жалкого и испуганного. Я не успела вскрикнуть: «Что с вами?» — как он упал во весь рост. Пашутин стоял возле, но не успел подхватить его». Падая, Бородин ударился головой о печку.
Вокруг были врачи, но их старания ни к чему не привели, сердце Бородина остановилось. «Почти целый час прилагали все усилия, чтобы вернуть его к жизни, — продолжает Доброславина. — Были испробованы все средства — и ничто не помогло… И вот он лежал перед нами, а мы все стояли кругом в наших шутовских костюмах и боялись сказать друг другу, что все кончено».
Что было причиной неожиданной смерти? Боткин на заседании Общества русских врачей посвятил этой теме большую часть своей речи памяти Бородина: «Погиб он, очевидно, от паралича сердца, но сердца, которое достаточно работало и не изменяло ему до конца жизни… Правда, были маленькие расстройства, которые заставили его за три месяца до смерти обратиться к врачебной помощи, но они были, казалось бы, такого незначительного характера, что не врачи и не подумали бы, может, об этом. Только А. П. как врач понимал, что болевые незначительные ощущения в левой руке и в области сердца могут быть признаками болезни этого органа, почему и обратился за советом к профессору Д. И. Кошлакову, который нашел сердце еще хорошо работающим, но размеры его, и преимущественно левый желудочек, увеличенными, а также акцент на втором тоне аорты».