Царь не забыл об услуге руководителя Посольского приказа. На его отношение к Висковатому не повлиял даже конфликт Ивана Михайловича с церковью, закончившийся его временным отлучением.
Самодержец тяготился Избранной радой, опекавшей его второе десятилетие, и остро нуждался в новых советниках. В начале 1561 года он пожаловал Висковатого званием «печатника» (хранителя государственной печати) и назвал его «своим ближним и верным думцем». С этого времени в дипломатической переписке Ивана Михайловича именовали печатником и дьяком. Опричник Г. Штаден свидетельствовал: «Кто получил свою подписную грамоту, должен идти к Ивану Висковатому, который хранил печать. Человек он гордый, и счастливым мог почитать себя тот, кто получал от него грамоту в течение месяца».
Да, Висковатый был одним из тех, кто закладывал фундамент российской бюрократии. Став главой Посольского приказа, Иван Михайлович получил в своё ведение царский архив – собрание основных документов по внутренней и внешнеполитической истории России XVI столетия. И одной из важнейших задач Висковатого стала систематизация документов государственного хранилища, организация текущего делопроизводства.
Сначала Иван Михайлович завёл для учёта ящиков с документами специальные книги. По мере поступления в архив новых материалов ящики с ними нумеровались и добавлялись к прежним, о чём в книге учинялись соответствующие записи. В переписных книгах делались также пометки об использовании документов, то есть выдачи их в различные учреждения.
Висковатый слыл одним из образованнейших людей России. При Посольском приказе он создал библиотеку, которую систематически пополнял. Среди собранных им книг были сочинения по географии, космографии, русские летописи, посольские и литовские хроники. В документах, написанных им, постоянно встречаются цитаты из Библии и сочинений святых отцов. Он настолько хорошо владел церковной литературой, что какое-то время даже составлял грамоты для митрополита Макария.
В 1568 году началась работа по созданию Лицевого летописного свода, от которого до нашего времени сохранилось десять томов. Висковатый принимал в этом самое активное участие: выбор используемых летописных списков и других памятников письменности, написание черновиков, памятных записок и прочее. Висковатый неоднократно упоминается в Своде как активный и искренне преданный сторонник Ивана IV. И это при том, что в конце жизненного пути дороги царя и его ближнего думца резко разошлись.
Сразу после возвращения опричного войска из разгромленного Новгорода Грозный затеял «московское дело», по которому Иван Михайлович был арестован. Суд и розыск были недолгими. 25 июля около 300 обречённых вывели на торговую площадь. Расправа с несчастными проходила на глазах тысяч горожан, насильно согнанных опричниками на место казни. Думный дьяк, развернув свиток, зачитал статьи, по которым обвинялся Висковатый: