Разгром Новгорода был так сокрушителен, что почти два десятилетия спустя при очередной переписи города, от которой в копиях сохранились писцовые книги, переписчики постоянно отмечают: «двор пуст», «место пусто».
Причины кровавого «новгородского дела» оказались тайной даже для его участников и современников. Трудно всерьёз принять версию об измене новгородцев. И не только потому, что Литва, равно как Ливонский орден и Швеция, всегда являлась для Новгорода большим врагом, чем Москва: варварский погром собственного государства, учинённый Иваном IV зимой 1569/70 годов, практически ничего не изменил в управлении городом и землями новгородскими. Уже через два года царь жалует новгородскому архиепископу Леониду грамоту, в которой подтверждает прежние его права. Как и прежде, город управляется «пятиконецкими» старостами (Новгород делился на пять «концов»). За городом сохраняется чеканка собственной монеты. Новгородское наместничество по-прежнему самостоятельно в дипломатических сношениях с Ливонией и Швецией…
Другая версия – о заговоре в пользу князя Старицкого. Может быть, царь избивал в Новгороде его сторонников? Не похоже. За три месяца до начала похода вести с казни должны были достичь Новгорода. Зная характер Ивана IV, новгородцы, если бы ведали за собой вину, могли приготовиться к отпору… или к покаянию.
Кроме того, царь, расправлявшийся с каждым, кто во времена опричнины осмеливался давать в монастыри и церкви вклады на помин души казнённых, здесь, в самом Новгороде, перед возвращением в Москву выдал Кирилло-Белозерскому монастырю грамоту на «село Ветлинское Дмитровского уезда» для поминовения души князя Старицкого.
…После Новгорода Грозный намеревался взяться за Псков. 21 февраля горожане встретили его хлебом-солью и изъявлением полной покорности. Тем не менее все монахи и монастыри были ограблены до нитки. Опричники изымали деньги, кресты и иконы, драгоценную церковную утварь и книги. Людские потери были невелики: казнили игумена Псково-Печерского монастыря Корнилия, книжника Васьяна Муромцева и ещё десятка три псковичей (в основном духовных лиц, связанных с игуменом).
Это чудо летописи объясняют заступничеством юродивого Николы, которого посетил царь. Угощая Иоанна, юродивый предложил ему сырого мяса.
Царь отказался:
– Я христианин и не ем мяса в Великий пост.
– Ты делаешь хуже, – заметил Никола, – питаешься человеческою плотию и кровию, забывая не только пост, но и Бога!
Юродивые почитались в народе почти как святые, они были воплощением его совести. Поэтому гневливый владыка сдержал себя, а Никола, провожая его, напутствовал: