– Не щадите меня в преступлениях, смело упрекайте мою слабость; гремите словом Божиим, да жива будет душа моя!
На одном из заседаний собора молодой царь подверг жестокой критике внутреннее состояние церкви: невежество, пьянство, воровство и разврат, в которых погрязли многие её служители и на что указывали в своих обличениях нестяжатели. Последние выступали против церковного землевладения и за опрощение церковного быта.
Не молчали и представители церкви. Отмечалось, например, что «в банях муж и жена, и чернцы и черницы в одном месте моются без зазору». Это было признано неподобающим нормам христианской морали и строго запрещено.
Конечно, к собранию иерархов церкви, продолжавшемуся несколько месяцев, готовились обе стороны – и светская, и духовная. Царя не слишком занимали вопросы канонического характера, насущным для него был вопрос о церковном землевладении, которое перешло пределы необходимого и вызывало справедливые нарекания отнюдь не одних «заволжских старцев» (нестяжателей). Именно этот вопрос Иван IV обсуждал наедине с митрополитом Макарием.
Итогом продолжительных бесед со святителем стал общий приговор царя, митрополита и других архиереев от 1 мая 1551 года. Как постановление Стоглавого собора, он обязывал архиепископов, епископов и монастыри передать государственной казне все земли, которые они получили после смерти великого князя Василия III, то есть во время беззаконий боярского правления. Кроме того, они должны были вернуть дворянам и крестьянам земли, отнятые за долги или «насильством». Впредь церкви запрещалось приобретать новые земли «без доклада», то есть без согласования с властями.
Конечно, царь не собирался разорять церковь, поэтому всем остававшимся у неё земельным владениям гарантировалась неприкосновенность. На указанные ограничения монастырей и иерархов Иван IV пошёл из острейшей необходимости обеспечить землёй будущий командный состав русской армии.
Наряду с проблемами монастырского землевладения собор рассмотрел и утвердил Судебник. По нему простонародье защищалось от произвола знати, но и знать не осталась в накладе: она сумела использовать эти же законы, чтобы оградить себя от наказаний. Более того, Судебник юридически закрепил права Боярской думы (присвоенные ею при Шуйских), по которым её решения становились законами без утверждения царя.
Одним из важнейших постановлений собора стало учреждение в епархиях и в крупных монастырях школ для обучения наряду со священниками и светских лиц.
Интересна форма работы собора: царь формулировал вопросы, которые требовалось решить (опасность лжепророков и ересей, ростовщичество, пьянство…), а духовенство обсуждало их. Решения собора были так и озаглавлены: «Царские вопросы и соборные ответы о многоразличных церковных чинах». Все постановления собора 1550–1551 годов составили 100 глав, поэтому в историю он вошёл как Стоглавый.