Руководство Ставки ухватилось за это письмо, как утопающий за соломинку, и оформило его в качестве директивы для КРО всех армий, ибо в нем «правильно разграничивались вопросы политики и контрразведки».
В конце концов, понимая пагубность курса Временного правительства, Л. Г. Корнилов, назначенный 18 июля 1917 года Верховным главнокомандующим, попытался навести порядок в стране — его попытка вошла в историю как Корниловский мятеж. За десять дней до этого выступления генерал-квартирмейстер Ставки генерал И. П. Романовский направил командующим военных округов шифрованную телеграмму, потребовав, чтобы контрразведывательные органы начали «широкую и энергичную работу» против пацифистской, националистической и «всякой иной пропаганды»…
Однако «мятеж» был вскоре разгромлен, а КРО, разумеется, не успели и приступить к выполнению новых задач. Более того, в Ставку из штаба Западного фронта пришел ответ от соответствующих должностных лиц, сообщивших, что директива «противоречит духу и смыслу первого параграфа „Положений о контрразведывательной службе“».
После этих событий петроградская контрразведка фактически прекратила свое существование, а подполковник Б. Н. Никитин предпочел скрыться, чтобы впоследствии завершить свою жизнь в Париже…
«Ясно, что во взаимоотношениях Ставки и органов контрразведки наступил известный кризис. Руководители Генштаба, ответственные за состояние контрразведки, встали перед необходимостью предпринять определенные шаги для того, чтобы выправить положение. 8 сентября помощник начальника Генштаба Н. М. Потапов и заведующий Центральным бюро ГУГШ А. А. Чернявский направили на имя исполнявшего обязанности военного министра Якубовича „Доклад о существе и пределах деятельности контрразведывательных органов“. Они писали, что „в настоящее время возникает небезосновательное опасение… что налаживающаяся работа контрразведывательных органов может понести чрезвычайно серьезный ущерб, уничтожающий все плоды реформы“. Это опасение вызвано теми „недоразумениями“, которые возникли в связи с „исполнением контрразведывательными органами требований прокурорского надзора“ — т. е. с участием контрразведки в преследованиях большевиков в июльские и последующие дни, когда прокуратура играла особенно заметную роль.
Считая необходимой борьбу против „преступлений и явно изменнических проявлений на фронте, выступлений и агитации крайних политических партий, отдельных проявлений контрреволюционной деятельности и, наконец, открытых военных бунтов и посягательств на цельность государства и на правительство“, авторы доклада указывали, что, по их мнению, не всякое из указанных проявлений подлежит „обследованию контрразведки“. Доклад содержал категорический вывод, что на контрразведку в делах политического сыска и борьбы с государственными преступлениями рассчитывать невозможно. В случае превращения контрразведки в политическую полицию, предупреждали его авторы, эти органы полностью лишатся общественного доверия, что неизбежно вызовет уход из них специалистов, работающих „по убеждению“»