Именитые горожане взывали к следствию, возмущались затянувшимися, на их взгляд, сроками рассмотрения дела Котовского. Суд вполне мог и не состояться: вышедшее из терпения тюремное начальство пошло на сговор с уголовниками, чтобы они убили мятежного арестанта в «случайной драке». Однажды на тюремном дворе разыгралось целое сражение «за Котовского» и «против Котовского». Но «благородному разбойнику» всякий раз везло: он выходил победителем благодаря необычайной физической силе, невероятной способности подчинять себе людей, делая из них своих сообщников.
В апреле 1907 года суд приговорил Котовского к десяти годам каторжных работ и лишению всех прав состояния. Приговор он принял совершенно спокойно, назвав полученный срок пустяками в сравнении с вечностью. Путь в Сибирь, в знаменитую Нерчинскую каторгу, лежал через Николаевскую, Смоленскую и Орловскую тюрьмы, где было немало попыток свести с ним счеты. Но и там подосланные уголовники уходили от него, словно собаки, поджав хвосты. В Нерчинске Котовский работал на приисках, в шахтах, глубоко под землей. Два года готовился он к побегу, и вот отчаянно-смелый план осуществлен. Разбросав могучими ударами двух конвойных, Котовский перемахнул через широкий ров и скрылся в сибирской тайге.
Тысячи верст бездорожья. Благовещенск, Чита, Иркутск, Томск. Явки, липовые документы, нелегальная жизнь. Переезд в европейскую Россию. Работа грузчиком на Волге, чернорабочим на стройках, кочегаром на мельнице, кучером, молотобойцем. Но долгая выдержка чужда Котовскому. И вот он уже на родине, в Бессарабии. Под чужим именем устраивается управляющим к хозяйке большого имения в Бендерском уезде. Никто бы не подумал, что этот добропорядочный, тихий господин и глава отряда, который по ночам совершает лихие набеги на поместья, — одно и то же лицо. Вскоре узнают почерк Котовского, до бессарабских степей долетает весть о его бегстве с каторги, и в Кишинев ловить беглеца прибывает знакомый уже нам Хаджи-Коли, незадолго до этого переведенный в Петербург, в царскую дворцовую охрану.
Снова, в который уже раз, Котовского подводит его излишняя доверчивость и любовь к эффектной позе. Щедро одарив крестьянина-погорельца деньгами на новую избу и домашнее хозяйство, обронил неосторожно: «Бери, бери, не свои дарю. Да брось благодарить — Котовского не благодарят».
Крестьянин обмер: это имя знала вся Бессарабия. Погорелец тем не менее польстился на крупную сумму, объявленную за поимку беглеца, и навел стражников на след нежданного благодетеля. Хаджи-Коли обложил имение темной ночью сильным полицейским отрядом. Помещица, узнав, кто в течение года управлял ее имением, грохнулась в обморок. Котовский решил не сдаваться живым, открыл огонь, но был тяжело ранен и закован в кандалы. «Ни одного арестанта в городе не водили с таким конвоем, как Котовского, — писала газета «Бессарабия», — человек 13 сопровождали его в тюрьму… Весть о том, что Котовского ведут в тюрьму, быстро облетела город, и улицы были запружены толпами любопытных. В ближайшем времени Гр. Котовского отправят в Одессу, где он будет судиться военным судом».