Важным завоеванием явилось оформление в сонате партии basso continuo (сопровождающего, цифрованного баса) как фундамента для развертывающегося концертирования двух верхних голосов. Этот бас фактурно расшифровывался в партии клавесина или органа (к ним по желанию присоединялся и смычковый бас, который мог также их заменять по существовавшим канонам и давал возможность выполнять как функцию гомофонно-гармоническую, сопровождая верхние голоса аккордами, так и полифоническую, выступая как самостоятельный голос). Тем самым в рамках церковной сонаты происходит плодотворное соединение традиций смычкового и клавишного исполнительства.
Basso continuo, пожалуй, впервые встречается в «Сонате для трех скрипок» Дж. Габриели, созданной в 1600 году (опубликована после смерти, в 1615), где скрипичные партии во многом уже предвосхищают фактуру церковной сонаты. Эти тенденции прослеживаются и у С. Росси, в творчестве которого происходит трансформация канцоны в трио-сонату с присущими ей равноправными верхними голосами и поддерживающим басом.
В его четырех сборниках симфоний, канцон и танцев для трех инструментов (1607—1623) басовую партию исполняет инструмент гитарон (типа гитары), партия которого, к примеру, в четвертом сборнике изложена без цифровки, в ней присутствуют динамические указания. Характерно и то, что у скрипок используются практически лишь три верхние струны, что близко народной практике в славянских странах, а сами инструменты «соревнуются». Не случайно у него одна из канцон носит название «Соната в форме диалога» (1613), где скрипки то имитируют друг друга (перекличка не полифонического характера), то одновременно излагают материал — происходит дифференциация верхних голосов.
Самостоятельный бас выделен и в Сонате Дж. П. Чимы (1610), помещенной в его сборнике «Concerti ecclesiastici». Во 2-м сборнике «Affeti amorosi» М. А. Негри (1611) помещены три «сонаты» для двух скрипок и баса в контрапунктическом стиле, пожалуй, один из ранних подступов к трио-сонате. Здесь басовая партия осуществляет функцию медленной гармонической поддержки верхних голосов, идущих, большей частью, параллельными терциями.
В церковной трио-сонате с самого начала идут поиски своеобразия выразительности частей, а не только их контрастного сопоставления. Происходит процесс углубления и обобщения характерной образности предыдущих жанров, особенно в области обособления сфер лирики и активной динамичности, связанных, соответственно, с кантиленностью и моторикой.
От контрастно-составного цикла, характерного для ранних образцов канцоны-сонаты, происходит развитие в сторону выделения и обособления частей, создания единого художественного целого с более интенсивными, глубокими и разнообразными связями частей в единый художественно-значимый комплекс.