В 1682 году Корелли снова в капелле св. Людовика. Он — первый скрипач довольно большого ансамбля, состоящего из десяти скрипачей (по примеру французского двора). Вторую скрипку играет его ученик Маттео Форнари, который становится другом Корелли и никогда его не покидает. Постепенно Корелли доводит состав ансамбля до четырнадцати исполнителей. До 1708 года Корелли регулярно участвует в качестве руководителя этого ансамбля на различных праздниках. Позднее его заменяет на этом посту М. Форнари.
В 1684 году Корелли поступает на службу к кардиналу Б. Панфили, любителю музыки, в качестве скрипача, руководителя небольшой капеллы, организатора музыкальных концертов и учителя кардинала. Он поселяется в его дворце вместе с М. Форнари и своим слугой, прилагает много сил, чтобы салон Панфили стал одним из музыкальных центров Рима. Уже в следующем году он посвящает своему покровителю камерные трио-сонаты ор. 2.
В Третьей сонате этого опуса Аллеманда вызвала возражения критиков. При исполнении этой сонаты в знаменитой Академии филармоников, членом которой состоял Корелли, возникли разногласия. Возражение вызвали параллельные квинты в басу, которыми композитор специально подчеркивал характерные народные итальянские интонации танца «цоппо». В результате состоялся спор, в котором активное участие принял известный теоретик, одно время президент академии, Г. П. Колонн. Он написал открытое письмо Корелли, упрекая его за нарушение правил. Корелли написал резкий ответ по поводу тех, кто «пребывает в темноте» и не идет дальше формальных правил.
Он писал: «Я получил при Вашем письме выписку пассажа к сонате, где ваши виртуозы оказались в затруднении. Я этому нисколько не удивляюсь, но именно поэтому я прекрасно улавливаю объем их знаний композиции и голосоведения; если бы они были в музыке подвинуты вперед, постигали ее тонкость и глубину, знали, что такое гармония и то, как она может очаровывать и возвышать человеческий дух, у них не было бы подобных сомнений, обычно порождаемых незнанием. После тщательной и продолжительной работы и практики у лучших римских учителей, я стремился усвоить их указания, зная прекрасно, что всякое произведение должно опираться на разум и на пример лучших знатоков» (25, 27-28).
Спор на этом не окончился. В том же году в Риме музыкальный теоретик А. Либерати опубликовал «Письмо об одном квинтовом последовании», где взял под защиту художественное намерение Корелли. Этот инцидент значительно охладил взаимоотношения Корелли с болонскими музыкантами.
В 1689 году во дворце Панфили состоялось исполнение оратории Ж. Б. Люлли «Святая Беатриче д'Эсте», для которой Корелли сочинил вступительную Интродукцию и вставную «Симфонию» (рукопись хранится в библиотеке Парижской консерватории). Популярность Корелли растет. Его ор. 3 — церковные трио-сонаты были изданы почти одновременно в Риме, Болонье и Модене. Посвящены они герцогу Моденскому. По некоторым сведениям, Корелли выезжал в Модену на некоторое время, думая начать там Работать.