Местом базирования для необычного подразделения выбрали остров Голодай (ныне остров Декабристов). Водолазов-разведчиков разместили в здании школы. Начиналась долгая блокада. Армия и флот в смысле продовольственного обеспечения пребывали в лучшем положении, чем жители осаждённого города, но недостаток питания вскоре ощутили все. Хозяйственный Прохватилов озадачился снабжением своего подразделения: Специально назначенные краснофлотцы на шлюпках собирали в Неве оглушенную при обстрелах рыбу, охотились с малокалиберной винтовкой на чаек. Жареными чайками, а так же, картошкой и свеклой с ротного огорода Прохватилов угощал гостившего в подразделении Петра Капицу:
«Вскоре на столе появился противень с беломясыми поджаренными птицами, обложенными золотистым картофелем, кружками моркови и свеклы.
- Голуби, что ли? -поинтересовался я.
- Ни-и, – ответил Прохватилов на родной «мове». – Их треба исты як рыбу, тогда воны вкусные, а если як мясо, то смак не тот».
В сентябре 1941 бойцы РОН провели первую боевую операцию. Финны форсировали реку Вуокса и заняли плацдарм южнее Выборга. Они захватили небольшой остров, не давая судам с частями 23-й армии свободно выходить из порта Выборг. Перед Прохватиловым поставили задачу выбить противника с острова. Сначала на остров высадились два разведчика в легководолазном снаряжении и разведали финские позиции. По протянутому под водой кабелю доложили, что можно начинать операцию. Пятьдесят водолазов, пользуясь этим кабелем как ориентиром, дошли до вражеского берега, но обнаружили лишь покинутые окопы. На финских позициях не было ни души. «Наверное, наши суматошные приготовления не остались незамеченными» – вспоминал потом Прохватилов.
Несмотря на то, что круг задач РОН был определён самим адмиралом Исаковым, в 41-м военачальники неоднократно пытались использовать молодое спецподразделение в качестве обычной пехоты. Отбивал атаки отцов-командиров сам Прохватилов: «Один в телефонную трубку требует: «Немедля построить бойцов и форсированным ходом отправить на пополнение в стрелковый полк. За неисполнение – расстрел». А кто он, этот крикун, – я не вижу. Флотским звоню, а оттуда голос еще грозней: «Не сметь! Сохранить водолазов для флота!» И тоже расстрелом грозится. Потом звонок, из третьего места. Всем мои хлопцы нужны. Вижу, так и так расстрела не избежать, вызываю связиста и по секрету приказываю: «Оборвать телефонные провода и сделать вид, что не можете найти обрыв». Только такой хитростью и удалось сохранить отряд».
Отбиться от «непрофильных» задач удавалось не всегда. В сентябре 1941 г. РОН участвовала в нескольких десантах, в том числе и в шлиссельбургском десанте, в ходе которого погибли наиболее подготовленные водолазы-разведчики.