К несчастью, когда дом был уже почти готов, однажды ночью в находящихся недалеко «веселых заведениях» возник пожар, скоро охвативший многие здания и приблизившийся к «Дому трудолюбия». Отец Иоанн просил полицмейстера принять предохранительные меры в районе дома, но в этом было отказано, и он сгорел.
Ценой огромных усилий «Дом трудолюбия» спустя год был восстановлен. При нем открыли храм во имя св. князя Александра Невского. Первоосновой «Дома трудолюбия», который впоследствии разросся в целый городок, были пеньковая и картузная мастерские, где в 1902 году, например, работало одновременно до 7300 человек. Выбранная сознательно специализация не требовала от работников особых знаний, а следовало только проявить добрую волю. Было очень важно без промедления помочь отвыкшим от работы людям вступить на трудовой путь и сразу же получать хоть и скромные, но честно заработанные деньги.
Для детей и подростков в «Доме трудолюбия» существовало начальное и специальное ремесленное образование. Для несовершеннолетних учреждены были следующие начинания: бесплатная начальная школа, в которой в 1903 году обучалось 259 детей; мастерская для обучения различным ремеслам, главным образом работе по дереву (61 человек); рисовальный класс, для бедных — бесплатно (около 30 человек); мастерские женского труда — шитье, кройка, вышивка (около 50 человек); сапожная мастерская; детская библиотека почти на три тысячи томов; зоологическая коллекция; военная гимнастика.
Для взрослых в «Доме трудолюбия» организовали следующие занятия и учреждения: воскресная школа, разбитая по степени грамотности посещающих на несколько групп (в 1897 году в ней обучалось 133 мужчины и 34 женщины, большинство моложе двадцати лет); народные чтения (лекции) — часто с волшебными фонарями, иногда с духовным пением (в 1898 году средняя посещаемость составляла 264 человека); бесплатная народная читальня (читатели-дети так набрасывались на иллюстрированные журналы, что их стали выдавать лишь под вечер и по одному на человека); платная библиотека (тридцать копеек в месяц, залог два рубля).
Попечительский совет занимался изданием брошюр, составленных из трудов отца Иоанна. При доме существовала и книжная лавка с доступными ценами.
Постепенно разросшийся городок «Дома трудолюбия» включал в себя приют для детей, главным образом сирот, и дневное убежище для малолетних; богадельню для женщин; большой каменный ночлежный дом, построенный в 1888 году, — на 84 мужчины и 24 женщины. Плата была три копейки за ночь. Для ночлежников выписывались две газеты. У дома была своя загородная дача для детей и при ней огород.