В 1891 году произошла закладка третьего сооружения странноприимного здания. По замыслу батюшки цель этого учреждения — дать приют бедному люду во время приезда их в Кронштадт к отцу Иоанну. Основная часть мест была бесплатной, только сорок кроватей в номерах оплачивались почтенной публикой.
Домом руководил Попечительский совет, состоящий из лиц, представлявших все классы общества — от аристократа до рабочего. Между ними не существовало никакого разделения, и единомыслие царило удивительное, основанное, конечно, на великой любви людей к своему пастырю, который в основном и содержал дом своими огромными пожертвованиями.
Попечительский совет распределял пособия нуждающимся — деньгами, обувью, одеждой и другими вещами. Чтобы помогать действительно нуждающимся, о них постоянно собирались сведения. Деньги выдавались в сумме от одного до двадцати рублей. Предоставлялась бесплатная медицинская помощь, организовывались бесплатные обеды. Через бесплатную амбулаторию, например, в 1896 году прошел 2721 больной. Народная столовая, работавшая ежедневно в течение одиннадцати часов, отпускала от четырехсот до восьмисот обедов.
Несмотря на создание «Дома трудолюбия» со всеми его отделениями, нищие, казалось, со всей страны в огромном количестве продолжали с утра поджидать отца Иоанна. В ожидании милостыни они выстраивались в одну, две и даже в три шеренги перед домом батюшки или перед кронштадтским собором. Эти шеренги получили прозвище «строй отца Иоанна». Поначалу он лично обходил свой «строй», в котором собиралось порой до тысячи человек, и раздавал по рублю на двадцать нищих. Позже это стали делать доверенные лица.
Еще большее восхищение и удивление вызывает церковное строительство отца Иоанна. Он сооружал храмы Божии и целые монастыри — миллионные сооружения. Тот самый Иоанновский монастырь, где по завещанию похоронен праведник, стоил около полутора миллионов рублей. Но, как всегда, начиналось строительство буквально с нескольких рублей. И только сила молитвы и любви основателя привлекали нужные капиталы.
Идея о постройке Иоанновского монастыря в Санкт-Петербурге на речке Карповке появилась после того, как в 1900 году отец Иоанн отстроил в своем родном селе Суре Архангельской губернии Сурскую женскую общину.
В обширных архангельских лесах в изобилии встречались скиты раскольников беспоповцев поморского типа. Счет им шел на сотни — а женских монастырей насчитывалось только два. Монастыри были необходимы в том краю для миссионерской деятельности и мирной борьбы с расколом. Отец Иоанн всегда выступал с обличением фанатиков, но без всякой тени личной вражды, причем даже оказывал нуждающимся раскольникам помощь.