Прошло два-три дня. Больной не встает. Тут чувствуем, что дело плохо, вдвоем едем к отцу Иоанну и со слезами на глазах каемся ему в своем проступке. Он отпустил нас с миром домой, утешив, что друг наш здоров. И действительно, мнимобольной радостно ходил по комнате, совершенно оправившись от своей странной болезни. Этот урок сделал всех нас на всю жизнь верующими людьми».
Хранил Бог избранника Своего от многих бед, но были случаи, когда приходилось ему принимать настоящее мученичество, которое, несомненно, можно назвать мученичеством за Христа. Об одном нападении рассказывал сам батюшка. Произошло это в 1905 году, когда вышел Манифест о свободе совести, или, как его называли в народе, «о свободе жить без совести» .
«Однажды, когда я служил обедню в Андреевском соборе и вышел из царских врат с Чашей со Святыми Дарами, то увидел студента, который закуривал в храме папиросу от лампады перед иконой Спасителя. Я сказал ему: «Что ты делаешь?» Студент, не отвечая, ударил меня по щеке, да так сильно, что Дары с Телом и Кровью Христовыми расплескались на каменный помост. Я перекрестился, подставил ему другую щеку и сказал: «Ударь еще раз». Но народ схватил студента. Камни с помоста, на которые разлилось Причастие, потом были вынуты и брошены в море». С тех пор отец Иоанн стал очень плохо слышать.
О другом садистском нападении на батюшку рассказывала духовная дочь его — домовладелица из Архангельска А. А. Анкирова.
«В Петербурге на Тимофеевской улице жила молочница Надежда, у которой я брала молоко. Муж у нее был пьяница, и она часто его за это бивала. Ей посоветовали обратиться к отцу Иоанну Кронштадтскому, что она и исполнила. Отец Иоанн исцелил ее мужа от пьянства. Она так обрадовалась, что сдала свое хозяйство мужу и всей душой стала служить дорогому батюшке и часто сопровождала его в карете к больным. Однажды ее упросили богатые люди привезти батюшку к тяжелобольному. Надежда стала просить батюшку поехать, но батюшка ответил: «На заклание меня повезешь?» Надежда испугалась этих слов, но ничего не поняла.
В карете были еще две женщины, которые оберегали батюшку. В дороге он два раза повторил: «На заклание меня везете», а потом прибавил: «Господи, да будет воля Твоя».
Приехали они в очень богатый дом, в столовой был сервирован стол и стояли всевозможные закуски. Батюшка спрашивает: «Где больной?» Ему показывают на комнату рядом и приглашают войти, а когда сопровождающие женщины захотели пойти вместе с ним, их быстро отстранили, и щелкнул замок. Женщины забеспокоились. За дверью слышалась возня. Женщины начали стучать в дверь, а Надежда побежала за кучером, который был богатырской силы. Кучер вбежал в комнату и изо всей силы плечом ударил в дверь и сломал замок. Представилась ужасная картина: батюшка лежал поперек кровати, на нем были подушки, а на них сидели три изувера, на полу кровь. Кучер сбросил изуверов, взял на руки батюшку и отнес в карету. Женщины обливались слезами и просили у батюшки прощения, потому что не знали, что повезли его к изуверам. Они порезали батюшке в паху. Когда батюшка пришел в себя, то строго запретил кому-либо говорить об этом, чтобы не было погромов. На другой день в газетах появилось объявление, что батюшка болен».