С тех пор отец Иоанн стал хворать, окончательно не поправился и тяжко страдал до самой смерти.
После пресловутого Манифеста от 17 октября 1905 года в газетах и журналах появилась пакостная писанина о царе Николае II и об отце Иоанне с несомненной целью очернить их обоих в глазах народа. Нападки на батюшку вскоре стали столь многочисленны и бесстыдны, что горячие почитатели семидесятишестилетнего старца решили учредить Общество для защиты его от подобных безобразий.
Для обсуждения этого вопроса собрались известные священники, в том числе настоятель Петропавловского придворного собора отец Александр Дернов, священник Михаил Прудников (прозорливый старец и молитвенник), а также миряне. Был прочитан и одобрен проект Общества защиты отца Иоанна от всякого рода нападок. Присутствующие выбрали депутацию, которой поручили съездить к отцу Иоанну и просить его благословения на это дело. Отец Иоанн был настолько растроган этим начинанием, что прослезился и поцеловал проект устава Общества.
Однако когда представили этот проект на утверждение митрополиту Санкт-Петербургскому Антонию (Вадковскому), он не разрешил учреждать подобное Общество. Митрополит завидовал славе кронштадтского батюшки и не любил его. Об этом свидетельствует и то обстоятельство, что после кончины великого старца митрополит запретил служить молебны в церкви-усыпальнице отца Иоанна. Люта была смерть митрополита. У него случился удар, он лишился зрения и возможности говорить, но все слышал и понимал в течение шести дней...
Казалось, что святость отца Иоанна была доказана и всей его жизнью, и чудесами, творимыми во множестве, прозорливостью и огромным почитанием народа... Да видно, эта часть почитателей была лишь горсткой всего русского народа православного. И случился с этим народом, подобно истории с митрополитом, апокалиптический удар, потому что не послушал народ своего пророка, перестал искать Царства Божия, забыл заветы Святой Руси.
Но прежде чем мы коснемся грозных пророчеств кронштадтского праведника о России, убедимся, что чудеса его и прозорливость засвидетельствованы многими и многими спасенными им от духовной и физической смерти, от уныния и отчаяния, от безысходности, порока и опрометчивого шага.
Бессребреник и целитель
В середине восьмидесятых годов прошлого века в газетах стали появляться заметки об отце Иоанне, об исцелениях им сотен больных, совершенных посредством молитвы и простого наложения рук. Сообщалось также о чудесном свойстве проповедника видеть и ощущать события, происходящие в сотнях верст от него, а также о его даре проникать мыслью сквозь завесу грядущего.