Да, угасал праведник, к обличениям и пророчествам которого за пятьдесят три года его пастырского служения привыкла Россия. Ее действительно уже через десять лет настиг гнев Божий. Отец Иоанн никоим образом не предполагал, что гнев этот — слепой и бессмысленный. «Господь, как искусный врач, подвергает нас различным искушениям, скорбям, болезням и бедам, чтобы очистить нас, как золото, в горниле. Душа, закосневшая в грехах разного рода, не легко поддается чистке и врачеванию, но с большим принуждением и терпкостью и только чрез долгий опыт терпения и страданий осваивается с добродетелью и начинает горячо любить Бога, Коего была чужда, научившись всяким грехам плотским. Вот цель бед и скорбей, посылаемых нам Богом в этой жизни. Они нужны как отдельным лицам, так и целому народу, погрязшему в нечестии и пороках. Русский народ и другие населяющие Россию племена глубоко развращены, горнило искушений и бедствий для всех необходимо, и Господь, не хотящий никому погибнуть, всех пережигает в этом горниле».
Так проповедовал святой Иоанн Кронштадтский. Имеющий уши — услышит...
Вначале декабря 1908 года болезнь обострилась. После того как отец Иоанн отслужил последнюю свою литургию в Андреевском соборе 9 декабря, он окончательно слег и больше никого не принимал. До самой смерти его причащали ежедневно. Вместо лекарств батюшка пил только воду из источника преподобного Серафима Саровского, ничего не ел, употреблял лишь миндальное молоко. По временам испытывал жесточайшие страдания от застарелой болезни мочевого пузыря, но духом не падал.
Лишь за неделю до смерти было получено извещение из Синода об осуждении иоанитов, и отец Иоанн сказал удовлетворенно, что теперь может умереть спокойно. Он сделал все приготовления на случай смерти, подписал духовное завещание, по одному из пунктов которого на содержание престарелой супруги, верной помощницы, пережившей мужа всего на полгода, оставлялось 10 тысяч рублей. Остальные средства и все принадлежавшие отцу Иоанну ценности завещались Иоанновскому монастырю на Карповке.
За день до своей смерти он сделал последнее распоряжение, благословив игуменью Ангелину освятить в Иоанновском монастыре храм-усыпальницу, который был давно готов, но ждал своего часа, чтобы принять мощи своего основателя.
Отец Иоанн точно знал время своей кончины и предсказал его несколько раз. Еще за пятнадцать лет до смерти, присутствуя на закладке нового Морского собора в Кронштадте, в конце приветственного слова отец Иоанн сказал:
— А когда стены нового собора подведут под кровлю, то меня не станет.