Слова эти исполнились буквально.
За месяц батюшка отправил поздравительные рождественские открытки своим корреспондентам, сказав: «А то вовсе не получат».
18 декабря, очнувшись от забытья, отец Иоанн поинтересовался, какое число. Ему ответили. «Ну хорошо, значит, еще два дня».
В последнюю ночь праведник особенно страдал, около него оставался священник Орнатский, некоторые родственники и восьмидесятилетняя кухарка. Облегчить страдания было невозможно, от всякой врачебной помощи отец Иоанн давно отказался. Зная тяжелое положение своего настоятеля, началась раньше обычного литургия — в три часа утра, а около четырех батюшку последний раз причастили. Он впал в забытье, и священник стал читать Канон на исход души и отходную. Когда подошел к одру умирающего, он лежал неподвижно, скрестив на груди руки. Глаза, до того закрытые, вдруг приоткрылись, и из них выкатились две чистые, как хрусталь, слезы. 20 декабря (2 января по н. ст.) тихо предал дух свой Господу семидесятидевятилетний старец, великий труженик на земле. Эта траурная весть мгновенно облетела Россию. О кончине пастыря было немедленно сообщено по телеграфу в Царское Село, Гатчину, митрополиту Петербургскому Антонию, обер-прокурору Синода. Император Николай II скорбел вместе со своими подданными: «Со всеми почитавшими усопшего протоиерея отца Иоанна оплакиваю кончину его».
В тот же день весь Петербург знал о случившемся, и по всем церквам начались панихиды. Утром 21 декабря на Балтийском вокзале несметные толпы народа брали любые билеты, чтобы добраться до Кронштадта. В Ораниенбауме спрос на извозчиков был огромный: все, что только могло перевозить пассажиров, двигалось по льду непрерывной вереницей.
После последней панихиды на квартире гроб с телом почившего пастыря был перенесен в Андреевский собор. Его несли начальник Кронштадта генерал-лейтенант Артамонов, военный губернатор контр-адмирал Григорович, комендант крепости, городской голова, соборный староста. Вдоль улиц стояли сухопутные войска шпалерами, сдерживая многочисленную толпу. Окна, заборы и крыши домов были усеяны народом. Для того чтобы проститься с почившим, люди на морозе стояли по многу часов. После заупокойной Всенощной народ до самого утра шел прощаться с любимым батюшкой. В семь часов утра 22 декабря началась литургия, после которой священник отец Павел Виноградов произнес: «Мы ничем другим не можем отблагодарить нашего дорогого усопшего, как земным поклоном». И все, как один, опустились на колени.
Рыдания слышались отовсюду, скорбь безутешная отразилась на лицах...