Траурное шествие растянулось по всему городу. Около всех православных церквей Кронштадта служились литии — особые моления. И лютеранская кирка у моря встретила погребальную колесницу долгим звоном... Три часа процессия шла по льду Финского залива — более 20 тысяч человек провожало в последний путь дорогого батюшку. Везде по дороге от Ораниенбаума до Балтийского вокзала тысячи и тысячи людей стояли вдоль железной дороги и коленопреклоненно встречали и провожали специальный поезд. Сколько раз за свою долгую жизнь отец Иоанн спешил по этой дороге к своим страдальцам!
В Петербурге по Обводному каналу и по всему Измайловскому проспекту с трех утра густой стеной стояли и стояли люди. Траурный поезд прибыл к пяти вечера. У вокзала ждали исаакиевские хоругвеносцы. Митрополит, архиепископы и епископы, монашеский чин, священство почти всех петербургских храмов встало во главе процессии. Движение по улицам было перекрыто. Стотысячное людское море с рыданием, пением, молитвами двигалось медленно и торжественно к Иоанновскому монастырю. Дубовый гроб покоился на траурной — с серебряным верхом, увенчанным митрой, — колеснице. Снова у всех храмов служились литии, все новые и новые священники присоединялись к процессии. Подобного размаха шествий и сплоченности людей в общем горе старожилы не помнили...
По особому повелению царя процессия двинулась по набережной Невы, мимо Зимнего дворца, в котором даже открывались окна.
У Синода — снова лития. Эту остановку предуказал отец Иоанн за три недели до смерти. В беседе со знакомыми купцами Круговым и Забелиным, между прочим, сказал: «Ведь в монастыре-то меня ждут, и сестры хотят причаститься, ну да к празднику-то (Рождеству, 25 декабря ст. ст.) я соберусь, только причастить, пожалуй, не придется. Просят меня также побывать в Святейшем Синоде. Побываю и там, хотя на полчаса или на несколько минут. Только ведь я там никогда не бывал, не знаю, как войти, впрочем, покажут». (Отца Иоанна незадолго до смерти избрали членом Святейшего Синода, однако по немощи он уже не смог побывать ни на одном заседании.)
Многочисленное духовенство, несмотря на дождь и длинный путь, шло в полном облачении: от Андреевского собора, по льду Финского залива и до Карповки в Петербурге — 25 верст с семи утра. Иоанновского монастыря процессия достигла в половине девятого вечера. Сразу началась заупокойная Всенощная, на которой сослужили около сорока священников. С полуночи до шести утра был открыт доступ к почившему. Рыдания не смолкали. Первыми прошли монахини обители, горе их было неописуемо — они лишились общего отца, какого больше никогда не будет... Многие теряли сознание.