Под руководством Андропова органы безопасности превратились в мощную систему, которая (в отличие от относительного либерализма времен хрущевской "оттепели") снова начала контролировать практически все сферы жизни общества. Активная борьба КГБ против инакомыслия, диссидентов и интеллектуальной оппозиции режима, применение принудительного психиатрического лечения (29 апреля 1969 г. Андропов направил специальное письмо в ЦК КПСС с планом развертывания сети психических больниц и предложениями об их использовании для защиты государственного и общественного порядка), лишение гражданства, аресты и увольнения – все это создало Андропову негативный имидж как в кругах либеральной интеллигенции в СССР, так и на Западе.
Во время пребывания Андропова на посту главы КГБ усилилась травля диссидентов и правозащитников в Украине. В июне 1967 г. было создано Пятое управление КГБ при Совете Министров СССР, пятые управления-отделы в территориальных органах госбезопасности. Новые возможности для органов КГБ открывало "профилактирование" граждан, что на практике означало не что иное, как их запугивание возможным применением жестких мер, включая уголовную ответственность. По инициативе Андропова начали высылать инакомыслящих. Так, в 1974 г. было выслан из СССР и лишен гражданства писатель Александр Солженицын, в 1977-м гражданства лишили генерала Петра Григоренко, выехавшего на лечение в США, в 1980-м академик Андрей Сахаров был сослан в Горький, где находился под постоянным контролем.
…В таких делах для Андропова мелочей не было. Например, 19 сентября 1977 г. он проинформировал ЦК КПСС о "вражеской деятельности" киевского кинорежиссера и писателя Гелия Снегирева и о согласованном с ЦК Компартии Украины решении о привлечении его к уголовной ответственности. 22 сентября Снегирев, публично критиковавший советский политический строй, был арестован, а 28 декабря 1978 г. умер, замученный в больнице.
По официальной статистике, за годы пребывания Андропова во главе КГБ в СССР по политическим мотивам было арестовано около 2000 человек. Сколько было "профилактировано", сказать трудно, но цифра, разумеется, намного больше. Впрочем, Андропов контролировал не только оппонентов режима. В 1970 г. он, например, приказал бдительно следить за написанием мемуаров Никитой Хрущевым и принять меры, чтобы эти воспоминания не попали на Запад (что потом и произошло).
Большое внимание Андропов уделял внешней разведке, контрразведке, разработке новых форм и методов научно-технического шпионажа. Например, как выяснилось в 1991 г., при Андропове была установлена уникальная подслушивающая система в зданиях посольства США в Москве. Он принимал активное участие в проведении инвазии с целью подавления реформаторских и демократических инициатив в Чехословакии в 1968 г., поддерживал ввод советских войск в Афганистан в 1979 г. (в январе 1980-го даже посетил Кабул) и силовое преодоление кризиса в Польше в 1980-м.