Переносить столь длительные полеты экипажу В-2А, состоящему всего из двух человек, помогал высокий уровень автоматизации, хорошо продуманная эргономика кабины, а также специальное оборудование, включающее биохимический туалет, спинки катапультных кресел с вибромассажерами и меню бортпайка, составленное с учетом вкусов каждого конкретного летчика. Тем не менее, самолет оказался не лишен недостатков. Привлеченная конгрессом США группа специалистов подготовила доклад об использовании самолета В-2А в боевых действиях на Балканах. На основе опросов летчиков отмечалось несовершенство приборного оборудования кабины, повышающего утомляемость экипажа и затрудняющего его ориентирование в боевой обстановке.
Следует отметить тот факт, что В-2А – наиболее дорогостоящие в мире боевые самолеты (стоимость одной машины – 997 млн.долл., т.е. треть стоимости атомного авианосца) – совершали боевые вылеты над Сербией (имевшей относительно слабую ПВО, состоящую из ЗРК С-75, С-125 и «Квадрат», истребителей-перехватчиков МиГ-29 и МиГ-21бис, а также малокалиберной зенитной артиллерии с орудиями устаревших типов) весьма солидное авиационное прикрытие. В состав прикрытия входили самолеты радиоэлектронной борьбы ЕА-6В «Праулер» и истребители F-15C. Вся операция проводилась при мощнейшей информационной поддержке самолетов ДРЛО Е-3 и самолетов радиолокационной разведки и управления Е-8. Такая тактика противоречит принципам использования малозаметных самолетов – действовать в одиночку, без привлечения самолетов других типов, не обладающих свойствами малозаметности и способных демаскировать «стеле». Кроме того, значительно возрастала цена одного боевого вылета бомбардировщика.
Требовалась весьма «тонкая» работа по согласованию совместных действий множества разнотипных самолетов, базировавшихся на разных континентах и принадлежащих различным родам войск («хозяином» самолетов ЕА-6В. прикрывавших «Спириты», являлся корпус морской пехоты США). Это ни могло не сказаться на оперативности боевого применения бомбардировщиков, а также обеспечении требуемого режима секретности. Однако американцы (особенно после потери первого F-117), вероятно, в большей мере полагались на мощь авиационного прикрытия, а не на «невидимость» самого «Спирита».
В американской печати приводились кадры съемки с борта разведывательного ЛА, на которых было изображено восемь капониров на одном из аэродромов в Косово, каждый их которых после удара самолета В-2А, сбросившего восемь КАБ, имел по «черному пятну» (т.е. пробоине). На другом кадре было показано бетонное укрытие на аэродроме в Приштине, разрушенное со стороны передних и задних ворот двумя попаданиями (тоже «работа В-2А). Однако после того, как это укрытие было осмотрено российскими специалистами, было выявлено, что оно не получило сколько-нибудь серьезных повреждений и полностью сохранило свою функциональность, а «потери» сербов в авиации в результата бомбовых ударов ограничились лишь списанными самолетами, находившимися на открытых стоянках аэродромов. Таким образом, боевые успехи «Спиритов» оказались несколько преувеличенными.