Послание святителя Агафангела вызвало страх и ярость руководителей ГПУ, которые справедливо увидели в нем не только разоблачение их церковной агентуры в лице обновленцев, но и конкретную программу действий для православных епископов, способную сорвать план богоборческой власти по насаждению в Церкви ее ставленников. Из Москвы последовал приказ о заключении митрополита под строгий домашний арест, а уже осенью 1922 г. он был переведен во внутреннюю тюрьму ГПУ в Москве. 28 ноября митрополиту Агафангелу объявили приговор комиссии НКВД о трехлетней ссылке в далекий Нарымский край, и в конце декабря тяжело больного святителя, вопреки протестам тюремных врачей, отправили в ссылку общим этапом с уголовниками и преступниками.
ГПУ не только стремилось к тому, чтобы имевший огромный авторитет Патриарший Местоблюститель был полностью отстранен от церковной жизни, но и рассчитывало, что суровые условия нарымской ссылки приведут к кончине 70-летнего святителя. Однако милостью Божией святитель Агафангел оставался в живых. В апреле 1926 г., через несколько месяцев после окончания срока ссылки, он, наконец, был освобожден и вернулся в Ярославскую епархию.
Поборник свободной Церкви о несвободном государстве
Митрополит Сергий (Страгородский), арестованный в декабре 1926 г., неожиданно вышел из заключения в конце марта 1927 г. и 18 мая сформировал в Москве «Временный Патриарший Священный Синод», который уже через два дня получил регистрацию в НКВД. Официальное признание государственной властью органов высшего церковного управления Московской Патриархии, которого тщетно добивались Патриарх Тихон и митрополит Петр, в то время воспринималось подавляющим большинством церковной иерархии как положительное событие. Казалось, это признание обусловит появление приемлемой для государства правовой основы деятельности Православной Церкви в стране и положит конец непрекращавшимся все годы существования советской власти гонениям против православных христиан. Поэтому деятельность митрополита Сергия нашла поддержку большей части православного епископата, в том числе и святителя Агафангела.
Положение изменилось после издания «Декларации» митрополита Сергия от 29 июля 1927 г. святитель Агафангел принял решение распространить ее в епархии, лишь сопроводив собственным обращением к пастве. Однако представители местных властей, постоянно ограничивавшие деятельность святителя различными запретами, разрешили печатать лишь текст «Декларации». Возмущенный этим очередным проявлением вмешательства властей в его епархиальную деятельность, святитель Агафангел вообще отказался от распечатывания «Декларации» В государственной типографии и распространения ее текста в пределах епархии.