Теперь задача стояла иная. В декабре 1939 года было решено создать вокруг главной базы ЧФ противодесантную линию, оснащенную долговременными огневыми точками. Анализ десантных операций показал, что вместе с пехотными подразделениями противник может высаживать и легкую авто-бронетехнику. В связи с этим, помимо пулеметных огневых точек в состав противодесантной обороны было решено включить и противотанковые огневые точки, оснащенные малокалиберной артиллерией. В декабре 1940 года выходит директива народного комиссара ВМФ Н.Г. Кузнецова, в которой он требовал незамедлительно организовать противодесантную оборону военно-морских баз. Именно с этого момента начинается интенсивное строительство укреплений в Севастополе и на его сухопутных рубежах. Предполагалось, что противодесантный рубеж будет иметь одну линию. В его задачу входило сдерживание десантных сил противника до подхода основных частей РККА. Артиллерийскую поддержку обороняющимся должны были оказывать береговые батареи. На них же возлагалась задача противодействовать высадке десанта. В ряде документов указывается, что все батареи имели опыт ведения огня по сухопутным целям, но это не соответствует истине. Результаты стрельб, проведенных в начале 1941 г., показывают, что личный состав батарей имел слабую подготовку в стрельбе по сухопутным целям. Во исполнение своей директивы от 16 декабря 1940 г. нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов издал приказ о рекогносцировке главного рубежа обороны с целью организации противовоздушной и противодесантной обороны города. Осуществление мероприятий по организации обороны Севастополя с суши было начато в феврале 1941 г. 14 февраля 1941 года приказом командующего Черноморским флотом была создана специальная комиссия под председательством генерал-майора П.А. Моргунова. Как пишет сам Моргунов: «Четкая задача в оперативно тактическом задании отсутствовала. Тем не менее, в период с 21 февраля по 5 апреля 1941 г. была проведена разведка, и намечен общий рубеж обороны базы...».
Анализ документов показывает, что при подготовке приказа командующего флотом в задании была допущена принципиальная ошибка. Слово «противодесантный» в приказе Командующего Черноморским флотом отсутствует. В директиве и приказе наркома было однозначное требование: создать вокруг Севастополя противодесантный рубеж. Это совершенно разные понятия, т.е. фактически П.А. Моргунов, благодаря Ф.С. Октябрьскому, не уяснил задачи, которую поставил Н.Г. Кузнецов. Тем не менее, начиная с февраля 1940 г. работа по созданию оборонительного рубежа в Севастополе велась. Подвозились строительные материалы, намечались места строительства огневых точек, к работе приступил Инженерный отдел флота. Велась подготовка личного состава. Из мероприятий, способствовавших усилению обороны Севастополя, в первую очередь выделяются совместные учения Черноморского флота и Киевского военного округа, проводимые в марте 1941 г. Итог их был неутешителен. Он показал, что главная военно-морская база к отражению десантов не готова. По результатам учений Нарком ВМФ принял решение отстранить от занимаемой должности Ф.С. Октябрьского и вызвал его в Москву. По решению И.В. Сталина Октябрьский был оставлен на должности командующего флотом. Об этом эпизоде мы уже вели речь. Результаты учения послужили основой для разработки «Наставления по отражению воздушных десантов и обороны Севастополя со стороны суши». Этот документ был утвержден 27 мая 1941 года. В нем были сформулированы требования к сухопутному рубежу военно-морских баз. Он должен был состоять из оборудованной по всему сухопутному фронту долговременными укреплениями одной оборонительной полосы с подготовленной впереди нее полосой охранения.