Подводные лодки вышли в районы развертывания 28 июня и заняли позиции: “Барс” и “Тигр”соответственно у северного и южного входов пролива Кальмарзунд, “Е-9” у Стейнорта (побережье Курляндии). Они получили задачу осуществлять поиск и уничтожение боевых кораблей и транспортов противника, находясь в море до 5 июля.
При подходе к Лансорту отряд особого назначения получил сообщение, что в ночь на 30 июня из-за сильного тумана германские конвои из Швеции выходить не будут, но командир отряда принял решение продолжать операцию. В 20 ч 00 мин 29 июня “Барс” обнаружила три эскадренных миноносца противника и вышла в атаку, выпустив три торпеды с дистанции 3-4 каб., но миноносцы своевременно уклонились, а затем также безрезультатно атаковали подводную лодку глубинными бомбами.
Отряд особого назначения имел боевой контакт с эскадренными миноносцами противника, обнаруженными подводной лодкой “Барс”, который закончился безрезультатно для обеих сторон. Другие подводные лодки, крейсировавшие в назначенных районах до 5 июля, контактов с противником не имели.
Последняя, менее масштабная, операция была проведена на коммуникациях противника 7-8 июля в Ботническом заливе. В операции участвовали два миноносца (“Внушительный и “Бдительный”) и подводная лодка “Волк”. Последняя потопила 7 июля германский пароход “Дарита” (6000 т), а миноносцы в ночь на 8 июля захватили в качестве приза и привели в Мариенхамн (Або-Оландские о-ва) немецкие пароходы “Вормс (10000 т) и “Лиссабон” (4000 т).
На этом закончились действия легких сил и подводных лодок Балтийского флота на коммуникациях противника в первой половине кампании 1916 г. Ставка, чтобы не осложнять отношения со Швецией, дала распоряжение о прекращении боевых действий на морских коммуникациях у шведского побережья.
Во второй половине кампании 1916 г. боевые действия подводных лодок были перенесены в центральную и южную части Балтики ближе к берегам Германии. Основным тактическим приемом боевого применения подводных лодок типа “Барс” и английских лодок типа “Е” оставалось крейсерство в назначенном районе. Устаревшие малые подводные лодки (“Аллигатор”, “Крокодил”, “Кайман”, “Дракон”) использовались в Ботническом заливе в пределах оперативной зоны своей базы на Або-Аландских островах.
В этот период к боевым действиям в центральной и южной частях Балтийского моря привлекались новые подводные лодки “Барс”, “Волк”, “Вепрь”, “Гепард”, “Львица”, “Пантера” и “Тигр”, а также английские лодки “Е-1”, Е-8”, Е-9” и “Е-19”.
16 июля 1916 г. “Вепрь” крейсировала в центральной части Балтийского моря у входа в Ботнический залив. На борту лодки находился автор известной книги “Подводные лодки в русском и советском флоте” Григорий Мартынович Трусов. Во время этого боевого похода подводная лодка “Вепрь” потопила германский пароход “Сирия”, шедший из Швеции в Германию. Вот как он описывает этот эпизод: “У шведских берегов немецкие транспорты старались не выходить из шведских территориальных вод. Для охраны транспортов в этих водах их конвоировали шведские миноносцы.