Между тем подводные лодки этого типа имели ряд существенных недостатков, о которых было хорошо известно еще до начала постройки. Эти недостатки трудно ранжировать по их важности и значению, поскольку все они, как правило, так или иначе связаны между собой.
Первым недостатком подводных лодок типа “Барс” является неудовлетворительная форма обвода корпуса, которая повлекла за собой ухудшение ряда важнейших качеств и тактико-технических элементов. Под неудовлетворительными обводами корпуса в данном случае понимается такая форма обводов, которая повлекла за собой повышение сопротивлению воды движению лодки, что в свою очередь, потребовало слишком большой мощности двигателей для достижения заданной скорости надводного хода 18,0 узлов. Г.М. Турусов, например, по этому поводу писал: “Подводные лодки типа “Барс” уступали некоторым лодкам иностранных типов, особенно в части достижения скоростей хода при данных мощностях двигателей в надводном и подводном положениях”.
Действительно, прогрессивные испытания модели подводной лодки в Опытовом бассейне Морского ведомства, которым с 1908 г. руководил сам И.Г. Бубнов, показали, что мощность дизельных двигателей для достижения указанной выше скорости надводного хода должна быть не менее 2-х по 1320 л.с.. Дизельные двигатели такой высокой мощности еще не производились ни в России (завод “Людвиг Нобель” в Петербурге и Коломенский завод под Москвой), ни фирмой “Ф. Крупп” в Германии. И.Г. Бубнов, безусловно, понимал, что дизели для подводной лодки водоизмещением 650/780 т слишком велики и не производились ни за границей, ни тем более в России, но отказываться от принятой им формы обводов корпуса не стал и пошел дальше по этому пути – заказу дизелей мощностью 1320 л.с. в Германии.
Этот заказ был осуществлен в 1912 г., всего за два года до начала войны, когда отношения между Германией и Россией имели явную тенденцию к быстрому ухудшению, и Германия уже тогда считалась вероятным противником России в предстоящей войне. Об этом говорит тот факт, что развертывание сил Балтийского флота с объявлением войны осуществлялось по плану войны 1912 года. В заказе двигателей в Германии повинно, конечно, в первую очередь Морское министерство, но И.Г. Бубнов не воспрепятствовал этому заказу, хотя был уже в чине генерал-майора и пользовался большим авторитетом в Главном управлении кораблестроения.
Естественно, с началом войны надежды на их поставку рухнули, и двигатели для этих лодок сняли с амурских канонерских лодок, а затем собирали буквально по всему миру, в том числе и бывшие в употреблении. Все они имели гораздо меньшую мощность и соответственно меньшие габариты, поэтому никаких трудностей с их размещением в машинных отделениях не возникало. Дизели мощностью 1320 л.с. были перезаказаны заводу “Людвиг Нобель” и Балтийскому заводу в Петрограде, а также Харьковскому паровозостроительному заводу для черноморских подводных лодок типа “Лебедь”. В результате их изготовление запоздало, и штатные дизели были установлены только в 1917 г. на двух балтийских лодках (“Змея”, “Кугуар”). Их также предполагали установить на двух черноморских лодках (“Лебедь”, “Пеликан”), которые не были достроены.