Постепенно союзники отводили свои корабли из эпицентра боев и сосредотачивали их на рейде Мудроса. На остров Тснедос прибыла французская авиаэскадрилья в составе 11 самолетов и приняла на себя задачи обеспечения воздушной разведкой морских и сухопутных сил союзников. Таким образом, вследствие ухода флота в Мудрое, войсковой экспедиционный корпус, которому по первоначальному замыслу предназначалось оказывать поддержку флоту, вынужден был действовать самостоятельно.
Активные операции ПЛ типа “Е” в Мраморном море начались одновременно с высадкой союзнических войск в Галлиполи. Морские коммуникации оставались для турок относительно свободными, и здесь большие надежды союзники возлагали именно на ПЛ типа “Е”, так как французские лодки оказались неспособными оперировать в Мраморном море. ПЛ “Bernouilli”, например, подхваченная течением, была снесена обратно, a “Jouly” столкнулась с миной и погибла со всей командой. Австралийская АЕ2 была уничтожена турецким миноносцем “Sultan Hissar”, а команда взята в плен.
“Sultan Hissar” входил в состав противолодочного отряда, образованного германо-турецким командованием для борьбы с ПЛ противника. 30 апреля 1915 г. около 8 ч в утреннем тумане с миноносца рассмотрели силуэт ПЛ, которая при приближении турок быстро погрузилась. Это была АЕ2 (800 т), построенная для австралийского флота. Командир миноносца решил выжидать, и кружил на месте погружения лодки. Примерно через час был замечен перископ, по которому “Sultan Hissar” тут же открыл огонь. АЕ2 тем временем выпустили торпеду, но миноносец сумел уклониться, затем ПЛ повторила выстрел, который также не достиг цели.
В 9 ч 40 мин произошло неожиданное: лодка по непонятной причине всплыла и была обстреляна беглым огнем из 3,7-см орудий, причем командир миноносца приказал открыть и ружейный огонь. В результате несколько попаданий пришлись в ее носовую часть, но лодка смогла погрузиться. В 10 ч 30 мин она снова всплыла, и тогда миноносец устремился на нее, намереваясь протаранить в корму. Однако до этого дела не дошло: из рубки показался белый флаг. Лодка стала тонуть, а ее экипаж – 3 офицера и 29 человек команды, предварительно открыв кингстоны, сдались в плен. Как оказалось, в тот день, 30 апреля, на АЕ2 были обнаружены повреждение привода горизонтальных рулей п неисправности в системе заполнения дифферентных цистерн. Лодка внезапно стала погружаться, имея большой дифферент на нос, а всплыть смогла за счет продувания балластных цистерн.
В ночь с 26 на 27 апреля ПЛ Е14 (командир капитан-лейтенант И.С. Бойль) покинула базу в Мудросе и в 2 часа пополуночи вошла в зону пролива. На рассвете она благополучно прошла под минными заграждениями и всплыв в районе Чанака, тут же попала под сильный обстрел фортов, но смогла избежать попаданий. Заметив несколько дозорных судов, среди которых находилась одна канонерка, Бойль решил ее атаковать. Столб воды, поднявшийся над поверхностью, свидетельствовал о том, что торпеда достигла цели, но оставаться дальше в этом районе было нельзя. В этот момент Е14 подверглась совершенно неожиданному способу нападения. Пока она находилась в позиционном положении, с подошедшей к ней шлюпки турецкая команда начала хвататься за первый перископ, пытаясь удержать лодку, но та смогла быстро погрузиться.