Рабби Нахман критически относился к некоторым цадикам того времени и открыто высказывал о них свое мнение. "Искусителю, - говорил он, - очень трудно справиться одному со своей работой; поэтому он назначил такого-то цадика в одном месте, а такого-то - в другом". Трудно отличить действительного цадика от мнимого, "так как и лжецадики… сидят целый день в молитвенном облачении, а на деле они лицемеры". Но особенно раздражали других цадиков его заявления о том, что только он "постигает Божье величие". Начались гонения на рабби Нахмана и на его хасидов, но это его не смущало. "Как могут они не враждовать со мной? - говорил он. - Ведь я иду новым путем, по которому не ходил еще ни один человек с тех пор, как существует мир. И хотя путь этот стар, очень стар, а все же это путь новый, совершенно новый". "Я не от мира сего, - еще говорил он, - и потому мир не может меня терпеть".
В 1802 году рабби Нахман побывал проездом в Умани и посетил еврейское кладбище, где похоронены тысячи жертв массовой резни гайдамацких погромов 1768 года. Там он пожелал, чтобы его похоронили среди этих мучеников, - и это случилось довольно скоро. Рабби Нахман прожил короткую жизнь, и последние ее годы были печальными. В 1806 году умер от чахотки его двухлетний сын. В том же году умер и второй его сын. Через год от чахотки скончалась его жена. Сам рабби тоже заразился этой болезнью и предсказал, что от нее он и умрет. Он уже никуда не выезжал из Брацлава, но продолжал обучать своих последователей. В 1810 году дотла сгорел его дом, и ночь больной рабби провел на улице. После этого он переехал в Умань, потому что, как говорил рабби Нахман, "души умерших там за веру ждут его". Перед праздником Рош га-шана его состояние стало ухудшаться и началось горловое кровотечение. Но в ночь Рош га-шана он, как обычно, произнес поучение, говорил долго, и это было его последнее обращение к своим хасидам.
Рабби Натан описал последние часы жизни своего учителя: "Мы уложили его на кровать, облаченного в прекрасное шелковое одеяние… Он взял небольшой восковой шарик и перекатывал его между пальцами. Так часто делал он в свои последние дни, погружаясь в глубокое размышление. И в этот последний час его мысли проносились сквозь потрясенные миры, и этот шарик из воска, оплывшего на светильнике, он вращал между своими пальцами, ощущая великую ясность мысли. Дом был полон людьми, пришедшими почтить его. Увидев, что близится кончина, они начали произносить молитву о праведнике… Нам показалось, что он скончался, и, сотрясаемые рыданиями, мы начали взывать: Тебе! Ребе! На кого ты покинул нас?!" Он услышал наши голоса и поднял голову, обратив к нам свое лицо, выражение которого повергло нас в трепет. Он как бы говорил: "Я не покидаю вас, упаси Бог!" Это было незадолго до того, как он ушел, чтобы приобщиться к своим отцам в великой святости и чистоте. Сверкающий и чистый, он ушел отсюда без малейшей тени смятения, без единого жеста непокорности, ушел, объятый безмятежностью, внушающей благоговейный страх… Что мне сказать? И как я могу говорить? Чем я могу воздать Всевышнему за то, что удостоился стоять там, когда отлетела его душа? И если бы я пришел в этот мир только для этого, этого было бы достаточно".