На протяжении первых двух лет миссионеры крестили около 12 тысяч туземцев и построили несколько часовен. Однако этот первоначальный успех Миссии был отмечен мученической кончиной одного из её иеромонахов. В 1795 году иеромонах Ювеналий, один из ревностнейших членов миссии, добровольно пошёл вглубь Аляскинского материка проповедовать туземцам Слово Божье. В одном из недружелюбных индейских поселений, совершив крещение местных жителей, о. Ювеналий увещал их прекратить полигамию, принятую у них, а также убедил их отпустить с ним двоих детей для поступления в Кодиакскую Миссийную школу. По дороге к морю дети и о. Ювеналий были настигнуты новокрещёнными индейцами, у которых изменилось настроение. Иеромонах Ювеналий был предан мученической смерти.
А двадцать лет спустя крещённый первыми русскими миссионерами на острове Кодиак молодой алеут Пётр принял мученическую смерть за верность своей вере от рук слишком рьяных испанских миссионеров в Калифорнии, вблизи русского промыслового посёлка и крепости Форт Росс у берега Тихого океана.
В 1980 г. Собор Архиереев Православной Церкви в Америке присоединил иеромонаха Ювеналия и алеута Петра к лику местно почитаемых святых.
Святейший Синод решил основать миссионерскую епископскую кафедру на Алеутских островах и Аляске. Архимандрит Иоасаф был вызван в Россию, и в Иркутске 10 апреля 1799 года хиротонисан во епископа Кодиакского. Однако достичь своей кафедры ему не удалось. В мае того же года корабль российско-американской компании «Феникс» в результате шторма затонул близ острова Уналашки. Погибли епископ Иоасаф, его спутники иеромонах Макарий и иеродиакон Стефан, семьдесят других пассажиров.
На протяжении последующих сорока лет нового епископа сюда не назначали. Миссионерская работа осуществлялась оставшимися монахами, прибывшими сюда с архимандритом Иоасафом: иеромонахом Афанасием, иеродиаконом Нектарием и монахом Германом. Последний из перечисленных здесь миссионеров, преподобный Герман, был образцом святости и духовности, он освятил собой всю 200-летнюю историю развития и утверждения Православия в этой части света.
Как и его современник преподобный Серафим Саровский, с которым у него так много общего, преподобный Герман Аляскинский (1757–1837) родился в скромной купеческой семье в маленьком городке около Москвы. От юности возжаждал служения Богу. Шестнадцати лет от роду поступил в подворье Свято-Троицкой Сергиевой Лавры на берегу Финского залива. Ища более тихого и уединённого места, перешёл в Валаамский монастырь и там присоединился к Аляскинской Миссии архимандрита Иоасафа. Будучи очень скромным и смиренным человеком, он в то же время был весьма начитанным и обладал даром слова.