Еще в МДА, на студенческой скамье, он представлял ректору свои записки по догматическому богословию, которые Преосвященный Филарет (Гумилевский) оценивал позже — может быть, не без полемической заостренности — как «втрое более дельные» по сравнению с «Догматикой» Макария. На самом деле, как догматист, он принадлежал к той же, что и митрополит Макарий, традиционной, или, как говорят, отвлеченно-диалектической школе богословия и не чуждался строгих, дисциплинирующих ум приемов и схем схоластики. Но само изложение догматического материала было у него необычно. Он приходил в аудиторию без каких-либо конспектов, лишь с книгой Нового Завета в руках, и начинал богословскую импровизацию, удивляя слушателей оригинальностью аргументов и тонкостью анализа [74]. Необычен был не только стиль его лекций, но и самый склад его догматического мышления. За каждым догматом явственно проступали нравственная и эсхатологическая позиция догматиста, его отношение к современности и сознание ответственности за судьбы мира и Церкви. Неизменным и единственным мерилом и критерием был для епископа Иоанна «образ Христа, как бы у вас перед глазами распятого» (Гал. 3, 1). Очень характерны в этом смысле были его лекции о Лице Иисуса Христа (Санкт-Петербургская Духовная Академия, 1864—1865 годы) [80].
Епископ Иоанн начинает c того, что подчеркивает, «какое важное значение имеет личность во всяком деле, особенно в мире нравственном, где она накладывает свою печать на все действия человека». Поэтому, если всегда и во всяком деле «вернее заключать от личности к делу, чем наоборот», то тем более «для полного понимания христианских истин, догматических и нравственных, нет лучшего средства, как изучить ту Личность, Которая основала это учение» [75].
Епископ Иоанн отвергает «метод отдельного изучения догматического учения христианства», видя в нем тот «коренной недостаток», что «здесь мы изучаем учение Христа в разъединении с Его личностью». И хотя Церковь «ручается нам за неповрежденность учения Христова», но мы не видим при таком методе «живого образа Спасителя». Чтобы сообщить догматическому учению подлинную «внутреннюю силу», необходимо изучать его «в связи с учением о Личности Христа» [75, с. 60]. Дальнейшее содержание лекций составляет анализ основных догматических мест в Евангелии, «в которых по преимуществу проявляется характер Божественной Личности Спасителя», с попутным полемическим опровержением ложных воззрений западной евангельской критики. (Непосредственным объектом обсуждения был для епископа Иоанна Э. Ренан с его еще новой тогда для России книгой «Жизнь Иисуса»). Такого способа изложения догматики мы не встречаем у других богословов. Предшественником епископа Иоанна можно считать архиепископа Иннокентия (Борисова), который еще в 1830-х годах пытался в своих академических лекциях осуществить такое же сочетание догматического, историко-экзегетического и нравственного элемента. С другой стороны, догматический метод епископа Иоанна с присущим ему высоким нравственным пафосом может быть поставлен в отношение преемственности с возникшим позже в русском богословии направлением нравственного монизма.