Начало войны с Японией застало «Куин Мэри» в Тринкомали, где «Королева» остановилась по пути в Сингапур. Там планировалось еще более увеличить ее вместимость. Быстрое наступление японцев на юг Малаккского полуострова сделало этот переход бессмысленным. 10 декабря японская авиация потопила британские линкоры «Принс оф Уэлс» и «Рипалс», со всей ясностью показав, что в Индийском и в южной части Тихого океана ни одно судно союзников не может считать себя в безопасности. 19 декабря 1941 г. Адмиралтейство переадресовало «Куин Мэри» в Нью-Йорк с промежуточной бункеровкой в Кейптауне. 12 января лайнер ошвартовался у пирса на реке Гудзон, пройдя 12000 морских миль. Стоянка не затянулась — уже через 10 дней судно перешло в Бостон, где на военной верфи начались работы по увеличению пассажировместимости «Королевы» на тысячу койко-мест.
Створки сухого дока Бостонской военно-морской верфи закрылись за «Куин Мэри» 27 января 1942 г. 13 дней потребовалось для того, чтобы довести вместимость «Королевы» до 8500 человек, снабдить судно дополнительными туалетами, увеличить емкость кладовых провианта и танков для пресной воды. ПВО лайнера усилили десятью 40-мм скорострельными пушками, установленными в пяти спаренных установках на полубаке и юте, а также 24 20-мм автоматами в качестве одиночных установок на надстройке. Кроме того, лайнер вооружили шестью трехдюймовками и четырьмя блоками пусковых труб в боевом отношении абсолютно бесполезных (как показала дальнейшая практика) двухдюймовых неуправляемых зенитных ракет.
По окончании модернизации, поздно вечером 17 февраля на борт «Королевы» поднялись 8838 военнослужащих. Бункеровка и прием припасов продолжались до полудня 18 числа, после чего лайнер вышел в море и взял курс на север. Удалившись от американского берега, «Куин Мэри» затем повернула на юг.
Рост активности неприятельских подводных лодок в Карибском бассейне вынудил «Куин Мэри» сделать незапланированную остановку в порту Ки-Уэст, на побережье Флориды. Там «Королева» приняла топливо и пресную воду. В Ки-Уэсте капитана Ирвинга, который должен был уйти на пенсию по возрасту, сменил опытный кунардовский офицер Джеймс Биссет. По окончании бункеровки, Биссет немедленно вывел лайнер в море и взял курс на восточную оконечность Кубы с тем, чтобы попасть в Атлантику через пролив Анегада. На выходе из пролива лайнер принял сигнал бедствия с американского танкера, торпедированного всего в десяти милях — там, где совсем недавно прошла «Королева». Это был первый, но не единственный случай, когда «Куин Мэри» довольно близко разминулась с противником.