5 февраля «Куин Мэри» отправилась в Нью-Йорк с 2451 пассажиром на борту — в основном это были женщины и дети. Пять дней спустя первое послевоенное плавание в новом качестве успешно завершилось. В обратном рейсе «Королева» взяла на борт 1720 коммерческих пассажиров. В течение трех последующих месяцев подобные рейсы превратились в обычную рутинную работу. За пять рейсов судно переправило 12200 человек.
1 мая 1946 г. лайнер окончательно перешел под британский контроль и продолжил выполнять ту же работу, но уже на маршруте Саутхемптон — Галифакс — Нью-Йорк — Саутхемптон. Теперь его пассажирами стали жены и дети канадских военнослужащих. За один рейс в Канаду перевозилось около 2200 человек. На обратном пути лайнер брал около 2000 коммерческих пассажиров. К концу этой службы «Королева» перевезла в Канаду 18900 членов семей военнослужащих и более 10000 платных пассажиров из Америки в Европу. Демобилизовали лайнер 27 сентября, по возвращении в порт приписки из очередного рейса. Наконец закончилась полная опасностей шестилетняя военная служба «Королевы» королю и Отечеству. За этот период лайнер прошел 600 тыс. миль и перевез более 800 тыс. человек, сыграв важную роль практически во всех военных кампаниях союзников. «Куин Мэри» стала первым военным транспортом в истории, переправившим за один рейс дивизию в полном составе. Лайнеру принадлежит и еще один рекорд: в одном рейсе на борту «Куин Мэри» находилось одновременно 1 6500 человек! Несмотря на то, что за лайнером велась серьезная охота, судно ни разу не подверглось атаке неприятеля. Во время войны у «Куин Мэри» появилось прозвище «Серый призрак», связанное не только с ее светло-шаровой окраской, но и с тем недюжинным умением буквально «растворяться» в океане, которым и было обусловлено везение, не раз помогавшее ей избежать встречи с врагом. Это умение явилось всецело заслугой британских военно-морских планировщиков, чей труд помог уберечь в войну не только «Королеву», но и десятки других лайнеров, а также сотни тысяч жизней перевезенных ими бойцов.
Для возврата на трансатлантические линии судну требовался капитальный ремонт и переборка всех машин и механизмов. Интенсивная эксплуатация в военные годы давала себя знать. Спустя десять дней после церемонии демобилизации лайнер встал на ремонт в Саутхемптоне. Работы продолжались десять месяцев, в них было занято более 4000 рабочих и персонала. Из Сиднея были доставлены все предметы интерьера лайнера, хранившиеся там с начала войны. Ремонт скрыл все шрамы, нанесенные внешнему облику и конструкции «Королевы» в войну: в частности, пришлось заменить практически все деревянное палубное покрытие. На судне оборудовали кинотеатр на 200 мест. Летом 1947 г. «Королева» вернулась к мирному труду на Атлантике, вновь став одним из самых красивых и комфортабельных судов, когда-либо ходивших по трассе Европа — Америка. Уровень роскоши и комфорта «Мэри» и «Элизабет» (после гибели «Нормандии») стал эталоном для всех конкурировавших с ними новых лайнеров.