Даже на занятия Ньютона хронологией Ардуэн отреагировал в том же стиле полного отрицания историчности глубокой старины. Познакомившись с напечатанной во Франции без разрешения автора сокращённым текстом книги Ньютона об исправлении хронологии, Ардуэн обратился к нему с письмом, в котором призвал Ньютона отказаться от представления о не существовавших на самом деле «древних» временах. Сожжение Трои Ардуэн считал разрушением Иерусалима, что перекликается с точкой зрения Фоменко относительно идентичности древних Трои, Иерусалима и Константинополя.
Конечно, высказывания Жана Ардуэна подвергались критике, но в основном весьма приглушённой. Складывается впечатление, что и сами критики прекрасно знали, что он прав: ведь сравнительно недавнее издание апокрифированных, приписываемых более древним авторам произведений было общепризнанной «гуманистской» нормой.
Даже самые ярые его критики признавали, что при том уровне учёности и при том высочайшем авторитете в научном мире, которым пользовался Жан Ардуэн, у него не было необходимости искать дополнительной известности на скользкой колее критиканства, не было нужды баловаться раздражающими церковь и науку разоблачениями. Только глубочайшая убеждённость в правоте хронологической и историографической критики могла подвигнуть Ардуэна на его противостояние со всей канонической исторической наукой и теологией.
Большинство произведений Жана Ардуэна, в том числе и изданных посмертно, были запрещены церковью в 1739–1742 годах, включены в индекс запрещённых книг. С этого началось их замалчивание. Современные историки, делающие вид, что они никогда не слышали о существовании Ардуэна, не говоря уже о его критической аргументации, оказываются достойными учениками католической инквизиции, внутреннее родство с которой они демонстрируют и своим отношением к современным критикам хронологии и историографии.
После смерти Жана Ардуэна большинство разоблачённых им «старинных» источников было постепенно «реабилитировано» и входит сегодня в фонд исторических произведений, всерьёз воспринимаемых исторической наукой (надо же ей чем-то заполнять выдуманные столетия и тысячелетия!). Аналогичная реабилитация всех «исторических» писателей уровня Козьмы Пруткова является характерной особенностью развития исторической «науки». Так, придуманная немецкими гуманистами (нужно же им было хотя бы попытаться встать на одну ступеньку с итальянскими коллегами, напридумывавшими целые исторические эпохи), немецкая поэтесса Розвита фон Гандерсхайм (якобы Х века) — писавшая, кстати, на прекрасной латыни, характерной для конца XV века — продолжает гулять по учебникам немецкой литературы в качестве немецкого литературного классика. И это — несмотря на неоднократные разоблачения этой фальшивки критическими авторами XIX и XX-го столетий.