Антисемитизм Шульгина не привел его на службу Гйтлеру. Когда нацисты оккупировали Югославию, ставшую его пристанищем, он замкнулся в себе и за всю войну не перемолвился ни одним словом с немцами. Тем не менее после освобождения Югославии в 1944 г. агенты СМЕРШа арестовали его в Сремских Карловцах вместе с пособниками гитлеровцев. Его судили за многолетнюю антисоветскую деятельность... чуть ли не с 1913 г. Шульгина не повесили, как П.Н. Краснова или А.Г. Шкуро, однако вынесенный ему приговор — 25 лет тюрьмы был для семидесятилетнего старика ничем не лучше смертного. Он отбывал наказание в печально знаменитом Владимирском централе, поддерживал силы при помощи йоги и писал исторический роман, а в соседней камере завершал свою «Розу мира» Даниил Андреев. Шульгин был уверен, что закончит свои дни за тюремной решеткой, но смерть Сталина, развенчание культа личности и массовые освобождения репрессированных изменили его положение к лучшему. В 1956 г., после двенадцатилетней отсидки, он вышел на свободу впрочем, весьма относительную, так как глубокого старика поместили в Гороховецкий дом инвалидов.
Вскоре основательно забытое имя монархиста и белогвардейца понадобилось советской пропаганде. В 1961 г. выходит книга Шульгина «Письма к русским эмигрантам», в которой он призывал своих бывших коллег по иммиграции покончить с враждебным отношением к СССР и КПСС Он писал: «То, что делают коммунисты в настоящее время, то есть во второй половине XX века, не только полезно, но и совершенно необходимо для 220-миллионного народа, который они за собой ведут. Мало того, оно спасительно для всего человечества, они отстаивают мир во всем мире». Обращение к эмиграции было вознаграждено, хотя совсем не так, как хотел Шульгин. За границу его не отпустили, зато дали квартиру во Владимире, назначили пенсию и в 1961 г. даже пригласили в качестве почетного гостя на XXII съезд КПСС Шульгину, участнику многих монархических и эмигрантских съездов, было любопытно присутствовать на съезде, на котором Н.С. Хрущев провозгласил программу построения коммунизма. Вряд ли умудренный опытом Шульгин верил в возможность достижения этой утопической цели. Критиковать он, конечно, не мог, но под маской простодушия позволил себе тонкую иронию по поводу хрущевских экспериментов в сельском хозяйстве и культуре: «...Мы смотрели в Кремле балет. Балет этот очень занятный, в него вложена мысль. Представлено было, как добродетельная кукуруза борется со скверными сорняками».
Шульгин принял предложение режиссера Ф.М. Эрмлера сыграть самого себя в документальном фильме «Перед судом истории». Писатель Эдвард Радзинский вспоминал, как пришел взглянуть на живого свидетеля истории: «В тот день в павильоне режиссер обсуждал со стариком эпизод «Отречение царя». Когда-то в своей книге старик все это подробно описал... И сейчас он опять вспоминал, как они с Гучковым вошли в вагон». Где стоял граф Фредерикс... И как вошел царь. Старика когда-то знала вся Россия. Это был Василий Шульгин». Согласно режиссерскому замыслу, актер, игравший советского историка, вооруженного марксистско-ленинской теорией, должен произнести обвинительный приговор царизму и заставить подсудимого Шульгина признать полный крах своих идей. Но у зрителей сложилось впечатление, что победителем из этого спора вышел монархист и белоэмигрант.