Тем временем, И. Левин, видя, что информация, переданная Чамберсом, никаких последствий не имеет, сообщил её сенатору У. Остину, послу Буллиту, журналисту У. Уинчелу. В марте 1940 года он направил информацию Чамберса Мартину Дайэсу, председателю Комитета палаты представителей по расследованию антиамериканской деятельности. По словам дипломата С. Брайдена, помощника государственного секретаря в 1940-х гг., вопрос о Хиссе по крайней мере трижды ставился перед президентом Рузвельтом, но безрезультатно.
Всё же в госдепартаменте начали поговаривать о Хиссе. Когда в 1939 году он перешёл работать в офис Хорнбека, тот сообщил ему о слухах среди сотрудников: "Хисс ― красный".
В октябре 1941 года М. Дайэс подготовил и направил генеральному прокурору Ф. Биддлу список 1124 коммунистов, попутчиков (fellowtravelers) и сочувствующих, находящихся на федеральной службе. В нём было и имя Хисса. Биддл переправил этот список в ФБР.
Получив список Дайэса, ФБР начало расследование. В феврале 1942 года агент ФБР встретился с Хиссом и спросил, состоит ли тот в компартии. "Нет", ответил Хисс. В мае того же года агенты ФБР допросили Чамберса, который повторил сказанное им ранее Бёрли ― о подпольной коммунистической организации в Вашингтоне, не акцентируя, впрочем, вопрос о шпионаже. Отчёт агентов ФБР был направлен Эдгару Гуверу; дальнейшего развития это дело не получило. Однако в 1943 году ФБР запросило и получило от помощника президента записки, сделанные им на встрече с Чамберсом.
Между тем, Хисс продолжал контакты с представителями советской разведки. Во время войны он поставлял информацию в СССР через нелегального резидента НКВД в США И. Ахмерова[15].
В начале 1945 года ФБР направило показания Чамберса в отдел безопасности госдепартамента. 20 марта 1945 года Рэймонд Мэрфи из отдела безопасности побеседовал с Чамберсом и услышал от него, что м-р Хисс, директор отдела специальных политических операций, является коммунистом. 25 марта 1945 года Д. Ладд, заместитель Э. Гувера, встретился с Хиссом и направил отчёт в госдепартамент, рекомендуя приостановить работу Хисса там.
По-видимому, начальство Хисса не знало, что с ним делать. С одной стороны, заместитель государственного секретаря Ачесон категорически утверждал: "Хисс ― лояльный служащий". С другой стороны, редактор журнала "Тайм" лично свидетельствовал, что тот ― коммунист. Поскольку кроме Чамберса никто против Хисса показаний не давал, дело повисало в воздухе. В мае 1945 года Мэрфи беседовал с Хиссом, а два агента ФБР ― с Чамберсом.