Между делом, сотрудники ФБР неофициально передали свою информацию священнику Джону Кронину, занимавшемуся изучением вопросов, связанных с распространением коммунизма. В ноябре 1945 года вышел его отчёт "Проблемы американского коммунизма", предназначенный для католических епископов США. В нём среди известных или предполагаемых коммунистов упоминалось имя Хисса.
Тем временем против Хисса появились новые данные. 5 сентября 1945 года Игорь Гузенко, шифровальщик в советском посольстве в Канаде, попросил политическое убежище. В своих показаниях он сообщил, что сотрудник госдепартамента, близкий к государственному секретарю, работает на советскую разведку. В октябре 1945 года эти его показания очутились в ФБР.
27 ноября 1945 года директор ФБР Эдгар Гувер подписал и направил президенту, государственному секретарю и генеральному прокурору расширенный отчёт о советском шпионаже в США. В отчёте на нескольких страницах рассказывалось и о Хиссе. Гувер обратился к генеральному прокурору Кларку с просьбой разрешить прослушивание телефона Хисса и установку у него микрофонов.
11 марта 1946 года состоялся разговор нового государственного секретаря Джеймса Бирнса с Элджером Хиссом. Бирнс сообщил Хиссу, что два комитета Конгресса обвиняют его в коммунистических связях и спросил: "Вы коммунист?" Хисс ответил отрицательно. Тем не менее, в марте 1946 года имя Хисса было внесено в список лиц, которым закрыт доступ к конфиденциальной информации, а его продвижение по служебной лестнице приостановлено.
15 мая 1946 года отдел безопасности госдепартамента подготовил документ с указанием 124 служащих ведомства, данные о которых указывали на возможную нелояльность или угрозу утечки информации. Среди них было 13 "коммунистов", 77 "подозреваемых", 14 "симпатизирующих коммунизму", 20 "агентов" ― в том числе и Э. Хисс.
В ноябре 1946 года ФБР направило в Белый дом, госдепартамент, министерство юстиции показания бывшей курьерши советской шпионской сети Элизабет Бентли о Хиссе, которого она, впрочем, неправильно называла "Юджином". Э. Гувер попросил президента Трумэна разрешить предпринять меры против Хисса, но тот ответил отказом.
В конце 1946 года Элджер Хисс ушёл в отставку со своего поста в госдепартаменте. 1 февраля 1947 года он был назначен президентом Фонда Карнеги за международный мир. Рекомендовал его на этот пост Джон Фостер Даллес, являвшийся в то время председателем правления Фонда. Зарплата президента Фонда составляла $20 тыс., что было больше зарплаты членов кабинета и конгрессменов.
В мае 1947 года Хисса снова опросили представители ФБР. Их интересовал вопрос: "знает ли он некоего м-ра Чамберса?" Хисс ответил отрицательно, как и на вопрос: "был ли он коммунистом?"